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万見
- PDB-2bt9: Lectin from Ralstonia solanacearum complexed with Me-fucoside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bt9
タイトルLectin from Ralstonia solanacearum complexed with Me-fucoside
要素LECTIN
キーワードLECTIN / SUGAR RECOGNITION / BETA-PROPELLER
機能・相同性Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / methyl alpha-L-fucopyranoside / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Mitchell, E.P. / Kostlanova, N. / Wimmerova, M. / Imberty, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2005
タイトル: The fucose-binding lectin from Ralstonia solanacearum. A new type of beta-propeller architecture formed by oligomerization and interacting with fucoside, fucosyllactose, and plant xyloglucan.
著者: Kostlanova, N. / Mitchell, E.P. / Lortat-Jacob, H. / Oscarson, S. / Lahmann, M. / Gilboa-Garber, N. / Chambat, G. / Wimmerova, M. / Imberty, A.
履歴
登録2005年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN
B: LECTIN
C: LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3189
ポリマ－29,2493
非ポリマー1,0696
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.985, 43.985, 103.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 LECTIN / HYPOTHETICAL PROTEIN RSC2107


分子量: 9749.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
プラスミド: PET25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XXK6
#2: 糖
ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST METHIONINE NOT IN THE MATURE PROTEIN. THE CONFLICTS IN THE SEQADV RECORDS SHOWN BELOW ARISE ...FIRST METHIONINE NOT IN THE MATURE PROTEIN. THE CONFLICTS IN THE SEQADV RECORDS SHOWN BELOW ARISE BECAUSE THIS PROTEIN IS FROM A DIFFERENT STRAIN OF RALSTONIA SOLANACEARUM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROPS WITH 2.5 UL RSL AT 15MG/ML, 2 UL OF RESERVOIR SOLUTION (30% PEG 6000, 0.1M TRIS/HCL PH 8.2) AND 1 UL OF GLYCINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月31日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→30.67 Å / Num. obs: 142705 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.79 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.32
反射 シェル解像度: 0.94→0.96 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 0.94→40 Å / Num. parameters: 24240 / Num. restraintsaints: 29147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. OCCUPANCIES OF SIDE CHAINS MODELLED IN ALTERNATIVE POSITIONS WERE ESTIMATED USING RELATIVE B-FACTORS. OCCUPANCY OF THE S-ME GROUP OF ...詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. OCCUPANCIES OF SIDE CHAINS MODELLED IN ALTERNATIVE POSITIONS WERE ESTIMATED USING RELATIVE B-FACTORS. OCCUPANCY OF THE S-ME GROUP OF METHIONINE RESIDUES WAS ESTIMATED USING DIFFERENCE MAP RESIDUALS. THESE RESIDUES HAD CLEARLY SUFFERED RADIATION DAMAGE AND HAD NO ALTERNATIVE CONFIGURATION. TOTAL NUMBER OF BINS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1201 7126 5 %RANDOM
all0.0976 135348 --
obs--93.5 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 1876.5 / Occupancy sum non hydrogen: 2573.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 72 541 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0333
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.101
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.124
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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