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- PDB-6vyd: Terpenoid Cyclase FgGS in Complex with Mg, Inorganic Pyrophosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vyd
タイトルTerpenoid Cyclase FgGS in Complex with Mg, Inorganic Pyrophosphate, and Benzyltriethylammonium cation
要素Terpenoid cyclase FgGS
キーワードLYASE / terpene / terpenoid / terpenoid cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / PYROPHOSPHATE 2- / Terpene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM56838 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Discovery of the cryptic function of terpene cyclases as aromatic prenyltransferases.
著者: He, H. / Bian, G. / Herbst-Gervasoni, C.J. / Mori, T. / Shinsky, S.A. / Hou, A. / Mu, X. / Huang, M. / Cheng, S. / Deng, Z. / Christianson, D.W. / Abe, I. / Liu, T.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpenoid cyclase FgGS
B: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,99842
ポリマ－72,3782
非ポリマー2,62040
水9,134507
1
A: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,43219
ポリマ－36,1891
非ポリマー1,24318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,56623
ポリマ－36,1891
非ポリマー1,37722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.599, 87.260, 163.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA6 - 276 - 27
12ARGARGGLUGLU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA29 - 3329 - 33
13LEULEUTHRTHR(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA35 - 3835 - 38
14HISHISARGARG(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA41 - 4441 - 44
15ASPASPGLYGLY(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA46 - 5846 - 58
16ASNASNASNASN(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA6161
17ILEILELEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA63 - 7463 - 74
18PROPROGLUGLU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA77 - 10077 - 100
19GLNGLNVALVAL(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA109 - 131109 - 131
110ALAALALYSLYS(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA133 - 138133 - 138
111TRPTRPLYSLYS(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA140 - 141140 - 141
112ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA143 - 144143 - 144
113THRTHRLYSLYS(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA146 - 151146 - 151
114VALVALILEILE(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA153 - 158153 - 158
115TYRTYRVALVAL(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA161 - 174161 - 174
116ALAALAMETMET(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA176 - 184176 - 184
117LEULEUMETMET(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA186 - 234186 - 234
118ILEILELEULEU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA236 - 239236 - 239
119ILEILEGLUGLU(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA241 - 256241 - 256
120GLUGLUTYRTYR(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA258 - 280258 - 280
121GLUGLUPROPRO(chain 'A' and (resid 6 through 9 or (resid 10...AA282 - 303282 - 303
222GLUGLULEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB6 - 276 - 27
223ARGARGGLUGLU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB29 - 3329 - 33
224LEULEUTHRTHR(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB35 - 3835 - 38
225HISHISARGARG(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB41 - 4441 - 44
226ASPASPGLYGLY(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB46 - 5846 - 58
227ASNASNASNASN(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB6161
228ILEILELEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB63 - 7463 - 74
229PROPROGLUGLU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB77 - 10077 - 100
230GLNGLNVALVAL(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB109 - 131109 - 131
231ALAALALYSLYS(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB133 - 138133 - 138
232TRPTRPLYSLYS(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB140 - 141140 - 141
233ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB143 - 144143 - 144
234THRTHRLYSLYS(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB146 - 151146 - 151
235VALVALILEILE(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB153 - 158153 - 158
236TYRTYRVALVAL(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB161 - 174161 - 174
237ALAALAMETMET(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB176 - 184176 - 184
238LEULEUMETMET(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB186 - 234186 - 234
239ILEILELEULEU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB236 - 239236 - 239
240ILEILEGLUGLU(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB241 - 256241 - 256
241GLUGLUTYRTYR(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB258 - 280258 - 280
242GLUGLUPROPRO(chain 'B' and (resid 6 through 14 or (resid 15...BB282 - 303282 - 303

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Terpenoid cyclase FgGS


分子量: 36188.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FGRAMPH1_01T04331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1RDR8

-
非ポリマー , 8種, 547分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物 ChemComp-BTM / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / ベンジルトリエチルアミニウム


分子量: 192.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/mL FgGS, 2 mM BTAC, 10 mM magnesium chloride, 2 mM sodium pyrophosphate, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→46.17 Å / Num. obs: 118843 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 11626 / CC1/2: 0.67 / Rpim(I) all: 0.567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ERT

5ert


解像度: 1.46→46.17 Å / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.5123 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 6038 5.08 %
Rwork0.1496 112787 -
obs0.1513 118825 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4694 0 158 507 5359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01045048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08196830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.16541878
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.480.30272070.25083678X-RAY DIFFRACTION97
1.48-1.490.29351710.24653677X-RAY DIFFRACTION97.07
1.49-1.510.30941970.23243694X-RAY DIFFRACTION97.2
1.51-1.530.25271870.21083706X-RAY DIFFRACTION97.3
1.53-1.550.222200.19453635X-RAY DIFFRACTION97.47
1.55-1.570.22881970.18373758X-RAY DIFFRACTION97.53
1.57-1.60.24622150.18143656X-RAY DIFFRACTION97.73
1.6-1.620.21891920.16993734X-RAY DIFFRACTION97.76
1.62-1.640.19931850.15973705X-RAY DIFFRACTION97.91
1.64-1.670.19122100.15073745X-RAY DIFFRACTION97.92
1.67-1.70.19671850.14263707X-RAY DIFFRACTION97.99
1.7-1.730.19771910.13813766X-RAY DIFFRACTION98.29
1.73-1.760.18862010.13363711X-RAY DIFFRACTION98.17
1.76-1.80.19131680.14483795X-RAY DIFFRACTION98.36
1.8-1.840.20331930.14273757X-RAY DIFFRACTION98.43
1.84-1.880.20612170.13473761X-RAY DIFFRACTION98.54
1.88-1.930.19012170.13633744X-RAY DIFFRACTION98.61
1.93-1.980.21451880.13563402X-RAY DIFFRACTION89.44
1.98-2.040.19242070.1333739X-RAY DIFFRACTION97.46
2.04-2.110.18252020.13013797X-RAY DIFFRACTION98.89
2.11-2.180.16411950.12773789X-RAY DIFFRACTION99.03
2.18-2.270.17912120.13073774X-RAY DIFFRACTION99.13
2.27-2.370.17422300.12993810X-RAY DIFFRACTION99.34
2.37-2.50.16631830.13553859X-RAY DIFFRACTION99.48
2.5-2.650.19251940.14283845X-RAY DIFFRACTION99.43
2.65-2.860.18142080.14533884X-RAY DIFFRACTION99.61
2.86-3.150.1892030.1553867X-RAY DIFFRACTION99.71
3.15-3.60.18531790.16033872X-RAY DIFFRACTION98.44
3.6-4.540.15182200.14083832X-RAY DIFFRACTION96.66
4.54-46.580.17172640.16434088X-RAY DIFFRACTION99.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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