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- PDB-6s99: Dimethylated fusion protein of RSL and trimeric coiled coil in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s99
タイトルDimethylated fusion protein of RSL and trimeric coiled coil in complex with cucurbit[7]uril
要素4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fusion protein / molecular glues / crystal engineering / cucurbituril
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / beta-D-mannopyranose / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.649 Å
データ登録者Ramberg, K. / Engilberge, S. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland アイルランド
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Segregated Protein-Cucurbit[7]uril Crystalline Architectures via Modulatory Peptide Tectons.
著者: Ramberg, K.O. / Guagnini, F. / Engilberge, S. / Wronska, M.A. / Rennie, M.L. / Perez, J. / Crowley, P.B.
履歴
登録2019年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
B: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
C: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
D: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
E: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
F: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,38924
ポリマ－74,2496
非ポリマー9,14018
水2,018112
1
A: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
B: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
C: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,69412
ポリマ－37,1243
非ポリマー4,5709
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
2
D: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
E: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
F: 4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,69412
ポリマ－37,1243
非ポリマー4,5709
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.219, 51.242, 111.282
Angle α, β, γ (deg.)76.80, 89.88, 60.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
4dzn-RSL,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 12374.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, HF909_06975, HXP36_18875, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42N28O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M TRIS HCL pH 8.5, 20% PEG8000, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.0013 M cucurbit[7]uril

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.649→42.842 Å / Num. obs: 26787 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.649→2.695 Å / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1383 / Rpim(I) all: 0.19

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.649→42.842 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 30.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 1410 5.27 %
Rwork0.2245 --
obs0.2262 26777 97.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.649→42.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 690 112 5590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3648130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5322178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0271194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6492-2.74390.34481020.31352549X-RAY DIFFRACTION98
2.7439-2.85380.36991240.30242663X-RAY DIFFRACTION98
2.8538-2.98360.33051770.28372450X-RAY DIFFRACTION98
2.9836-3.14090.28391400.24982557X-RAY DIFFRACTION98
3.1409-3.33760.29961760.22692480X-RAY DIFFRACTION98
3.3376-3.59520.24131260.22992581X-RAY DIFFRACTION97
3.5952-3.95670.20551240.20032540X-RAY DIFFRACTION97
3.9567-4.52870.20481490.19652470X-RAY DIFFRACTION96
4.5287-5.70360.21511840.20172527X-RAY DIFFRACTION97
5.7036-42.8480.33921080.23132550X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.7799 Å / Origin y: 0.1014 Å / Origin z: -1.2297 Å
111213212223313233
T0.3032 Å20.0001 Å20.0113 Å2-0.3153 Å2-0.0029 Å2--0.5122 Å2
L1.1486 °2-0.0099 °20.0812 °2-1.0876 °2-0.0652 °2--1.9167 °2
S0.0311 Å °-0.0056 Å °0.0184 Å °0.0039 Å °0.0278 Å °0.0036 Å °-0.0007 Å °0.002 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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