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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ot6 | ||||||
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タイトル | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX WITH DNA AND inhibitor RMC-282 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / RT INHIBITOR COMPLEX / ACYCLIC NUCLEOSIDE PHOSPHONATE ANALOG / RT-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez, S.E. / Singh, A.K. / Gu, W. / Das, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Exploring the dNTP -binding site of HIV-1 reverse transcriptase for inhibitor design. 著者: Gu, W. / Martinez, S. / Singh, A.K. / Nguyen, H. / Rozenski, J. / Schols, D. / Herdewijn, P. / Das, K. / De Jonghe, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ot6.cif.gz | 456.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ot6.ent.gz | 361.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ot6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Reverse transcriptase/ribonuclease ... , 2種, 4分子 CADB
#1: タンパク質 | 分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H #2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 ETFP
#3: DNA鎖 | 分子量: 8383.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) #4: DNA鎖 | 分子量: 6161.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#6: 化合物 | ChemComp-1I4 / ( |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 16-19.5% V/V PEG SMEAR BROAD, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS-HCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→95.7 Å / Num. obs: 53347 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 91.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4601 / CC1/2: 0.275 / Rpim(I) all: 0.722 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V4I 解像度: 3.2→95.7 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 294.05 Å2 / Biso mean: 117.5471 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→95.7 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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