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- PDB-7oqz: Cryo-EM structure of human TMEM45A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oqz
タイトルCryo-EM structure of human TMEM45A
要素Transmembrane protein 45A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transmembrane Protein 45A
機能・相同性Protein of unknown function DUF716 / Transmembrane protein 45 / Family of unknown function (DUF716) / membrane / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Transmembrane protein 45A
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Grieben, M. / Pike, A.C.W. / Evans, A. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreira, T. / Chalk, R. / MacLean, E.M. / Marsden, B.D. ...Grieben, M. / Pike, A.C.W. / Evans, A. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreira, T. / Chalk, R. / MacLean, E.M. / Marsden, B.D. / Burgess-Brown, N.A. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European Commission115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of human TMEM45A
著者: Grieben, M. / Pike, A.C.W. / Evans, A. / Shrestha, L. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreira, T. / Marsden, B.D. / Burgess-Brown, N.A. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _citation.title / _struct_keywords.text
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein 45A
B: Transmembrane protein 45A
C: Transmembrane protein 45A
D: Transmembrane protein 45A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,71620
ポリマ－130,0734
非ポリマー12,64216
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25460 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area42330 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNLEUA1 - 237
d_12ens_1PC1PC1B
d_13ens_1PC1PC1C
d_14ens_1PC1PC1D
d_15ens_1PC1PC1E
d_21ens_1ASNLEUF1 - 237
d_22ens_1PC1PC1G
d_23ens_1PC1PC1H
d_24ens_1PC1PC1I
d_25ens_1PC1PC1J
d_31ens_1ASNLEUK1 - 237
d_32ens_1PC1PC1L
d_33ens_1PC1PC1M
d_34ens_1PC1PC1N
d_35ens_1PC1PC1O
d_41ens_1ASNLEUP1 - 237
d_42ens_1PC1PC1Q
d_43ens_1PC1PC1R
d_44ens_1PC1PC1S
d_45ens_1PC1PC1T

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要素

#1: タンパク質
Transmembrane protein 45A / DNA polymerase-transactivated protein 4 / Dermal papilla-derived protein 7


分子量: 32518.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM45A, DERP7, DNAPTP4 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWC5
#2: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transmembrane Protein 45A / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正詳細: Patch CTF routine in cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94268 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 129.04 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00188216
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.340111068
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03081220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031288
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.43572976
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000698191197779
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.081569546592
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699454035062

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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