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Yorodumi- PDB-6xub: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphter... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6xub | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphteriae in complex with monovinyl monopropionyl deuteroheme | ||||||
Components | Chlorite dismutase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Coproheme decarboxylase / heme b biosynthesis / decarboxylation / ferredoxin like / actinobacterial | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationoxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme B biosynthetic process / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Michlits, H. / Lier, B. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmueller, P.G. / Oostenbrink, C. / Obinger, C. / Hofbauer, S. | ||||||
| Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020Title: Actinobacterial Coproheme Decarboxylases Use Histidine as a Distal Base to Promote Compound I Formation. Authors: Michlits, H. / Lier, B. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Oostenbrink, C. / Obinger, C. / Hofbauer, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6xub.cif.gz | 689.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6xub.ent.gz | 584.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6xub.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6xub_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6xub_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6xub_validation.xml.gz | 54.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6xub_validation.cif.gz | 75.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/6xub | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6xucC ![]() 3dtzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27288.961 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Gene: B11Q_01470, BT093_04375 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-VOV / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.98 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 33500, MgCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 170 K / Ambient temp details: cryo stream / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9762 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.5645→48.1924 Å / Num. obs: 156754 / % possible obs: 98.02 % / Redundancy: 3.05 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.33 |
| Reflection shell | Resolution: 1.5645→1.621 Å / Num. unique obs: 14679 / CC1/2: 0.223 / % possible all: 92.16 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3DTZ Resolution: 1.78→48.1891 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.39
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 376.04 Å2 / Biso mean: 44.0519 Å2 / Biso min: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→48.1891 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Corynebacterium diphtheriae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Austria, 1items
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