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Yorodumi- PDB-6fxq: Structure of coproheme decarboxylase from Listeria monocytogenes ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fxq | ||||||
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Title | Structure of coproheme decarboxylase from Listeria monocytogenes during turnover | ||||||
Components | Putative heme-dependent peroxidase lmo2113 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / coproheme decarboxylase / iron coproporphyrin III / monovinyl monopropionate deuteroheme | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes serovar 1/2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Hofbauer, S. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Puehringer, D. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2019 Title: Redox Cofactor Rotates during Its Stepwise Decarboxylation: Molecular Mechanism of Conversion of Coproheme to Hemeb. Authors: Milazzo, L. / Gabler, T. / Puhringer, D. / Jandova, Z. / Maresch, D. / Michlits, H. / Pfanzagl, V. / Djinovic-Carugo, K. / Oostenbrink, C. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C. / Smulevich, G. / Hofbauer, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fxq.cif.gz | 740.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fxq.ent.gz | 630 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fxq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fxq_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6fxq_full_validation.pdf.gz | 4.3 MB | Display | |
Data in XML | 6fxq_validation.xml.gz | 58.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6fxq_validation.cif.gz | 78.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/6fxq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fxjC 4wwsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 28751.527 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (bacteria) Strain: ATCC BAA-679 / EGD-e / Gene: lmo2113 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q8Y5F1, Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases |
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-Non-polymers , 5 types, 730 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-FEC / #4: Chemical | ChemComp-VOV / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 / Details: 0.1 M bicine pH 9.0 10 % (w/v) PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→49.004 Å / Num. obs: 162948 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 2.93 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.748 / Rpim(I) all: 1.223 / Rrim(I) all: 2.141 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WWS Resolution: 1.69→49.004 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.97 Å2 / Biso mean: 43.1452 Å2 / Biso min: 15.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.69→49.004 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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