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万見
- PDB-7opm: Phosphorylated ERK2 in complex with ORF45 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opm
タイトルPhosphorylated ERK2 in complex with ORF45
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • Protein ORF45
  • synthetic ERK2 inhibitor peptide
キーワードVIRAL PROTEIN / MAPK / ERK2 / phosphorylated ERK2 / ORF45 / kaposi's sarcoma-associated herpesvirus / FXFP-motif
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / viral tegument / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development ...symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / viral tegument / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / Signaling by LTK in cancer / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / : / positive regulation of telomere capping / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / phosphotyrosine residue binding / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / ESR-mediated signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / response to nicotine / peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Negative regulation of FGFR3 signaling / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08G / Protein ORF45 / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Sok, P. / Remenyi, A. / Alexa, A. / Poti, A.
資金援助 ハンガリー, European Union, 2件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)KKP 126963 ハンガリー
European Union (EU)iNEXT Project 4788European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A non-catalytic herpesviral protein reconfigures ERK-RSK signaling by targeting kinase docking systems in the host.
著者: Alexa, A. / Sok, P. / Gross, F. / Albert, K. / Kobori, E. / Poti, A.L. / Gogl, G. / Bento, I. / Kuang, E. / Taylor, S.S. / Zhu, F. / Ciliberto, A. / Remenyi, A.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: synthetic ERK2 inhibitor peptide
C: Protein ORF45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3657
ポリマ－45,7783
非ポリマー5884
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.094, 41.149, 51.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-534-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41906.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質・ペプチド synthetic ERK2 inhibitor peptide / p28


分子量: 2276.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Protein ORF45


分子量: 1593.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: F5HDE4

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非ポリマー , 3種, 43分子

#4: 化合物 ChemComp-08G / 1-[4-(hydroxymethyl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl]-3-[(1S)-1-phenylethyl]urea


分子量: 311.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % / 解説: thick needles grown in clusters
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M Tris pH 8.3, 20% PEG 8000 with 1.25 M NaCl in reservoir
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.12 Å / Num. obs: 16460 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 140097
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.558.41.3071536118290.7490.4781.3951.599
8.83-47.128.30.07131053740.9970.0250.07528.796.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ERK

2erk


解像度: 2.45→47.12 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1632 9.94 %
Rwork0.2352 14781 -
obs0.237 16413 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.17 Å2 / Biso mean: 77.717 Å2 / Biso min: 29.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 41 39 3193
Biso mean--66.83 68.98 -
残基数----391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.520.37721280.34721192132099
2.52-2.60.40881370.33581230136799
2.6-2.70.37041350.341112121347100
2.7-2.80.35331400.327812281368100
2.8-2.930.35581420.31331229137199
2.93-3.090.3471300.30191226135699
3.09-3.280.26071320.26971229136199
3.28-3.530.23771390.25021218135798
3.53-3.890.2391320.21831241137399
3.89-4.450.20851400.19671235137599
4.45-5.610.25371360.19461253138999
5.61-47.120.18521410.19651288142998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.07360.2215.12560.5441.4256.15670.20740.9209-0.5576-0.3022-0.083-0.34680.52210.72240.05080.8856-0.0065-0.06550.2891-0.0010.510752.22-11.74418.265
24.7808-0.20980.32691.26940.01932.6347-0.0480.3413-0.2776-0.0851-0.11330.2968-0.105-1.22550.14780.56210.0508-0.02610.7569-0.11820.378227.051-4.00216.179
33.9276-0.6833-1.08221.34990.44323.84810.01590.19810.3909-0.0464-0.04490.2648-0.7334-1.2103-0.03240.69660.1467-0.11420.8713-0.04860.381426.4933.86519.083
44.7906-3.50861.14169.6768-7.11425.8129-1.46810.9453-0.4513-2.00111.48321.1960.7818-1.9634-0.03751.2539-0.245-0.13741.8755-0.31970.913515.037-13.089-2.2
55.25092.1689-1.41271.03-1.4055.4345-0.5974-1.5884-0.73850.83530.46340.03390.9586-0.06880.26721.09030.30010.08391.14060.01230.514131.53-6.31340.606
65.59290.2668-1.73344.44762.73178.8698-0.2818-1.59960.61930.54470.28780.1816-0.5182-0.4024-0.03520.99790.1228-0.06271.0075-0.20780.603829.4816.49541.493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:44 )A-1 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 45:274 )A45 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 275:360 )A275 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 30:39 )C30 - 39
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 3:10 )B3 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 11:20 )B11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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