[日本語] English
万見
- PDB-7oo2: Crystal structure of an antibody targeting the capsular polysacch... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oo2
タイトルCrystal structure of an antibody targeting the capsular polysaccharide of serogroup X Neisseria meningitidis (MenX)
要素
  • anti-MenX Fab heavy chain
  • anti-MenX Fab light chain
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antibody / Fragment antigen binding / Neisseria meningitidis / serogroup X / MenX / glycoconjugate vaccine
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Pietri, G.P. / de Ruyck, J. / Lenac, T. / Adamo, R. / Bouckaert, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675671European Union
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Elucidating the Structural and Minimal Protective Epitope of the Serogroup X Meningococcal Capsular Polysaccharide.
著者: Pietri, G.P. / Tontini, M. / Brogioni, B. / Oldrini, D. / Robakiewicz, S. / Henriques, P. / Calloni, I. / Abramova, V. / Santini, L. / Malic, S. / Miklic, K. / Lisnic, B. / Bertuzzi, S. / ...著者: Pietri, G.P. / Tontini, M. / Brogioni, B. / Oldrini, D. / Robakiewicz, S. / Henriques, P. / Calloni, I. / Abramova, V. / Santini, L. / Malic, S. / Miklic, K. / Lisnic, B. / Bertuzzi, S. / Unione, L. / Balducci, E. / de Ruyck, J. / Romano, M.R. / Jimenez-Barbero, J. / Bouckaert, J. / Jonjic, S. / Rovis, T.L. / Adamo, R.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: anti-MenX Fab heavy chain
B: anti-MenX Fab light chain
C: anti-MenX Fab heavy chain
D: anti-MenX Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3157
ポリマ－96,1414
非ポリマー1743
水7,404411
1
A: anti-MenX Fab heavy chain
B: anti-MenX Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1874
ポリマ－48,0712
非ポリマー1162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: anti-MenX Fab heavy chain
D: anti-MenX Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1293
ポリマ－48,0712
非ポリマー581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.012, 85.349, 123.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 186 or resid 188 through 214))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 186 or resid 188 through 214))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNGLNTHRTHRAA1 - 2181 - 218
d_21ens_1GLNGLNTHRTHRCC1 - 2181 - 218
d_11ens_2GLUGLUTYRTYRBB1 - 1861 - 186
d_12ens_2ARGARGCYSCYSBB188 - 214188 - 214
d_21ens_2GLUGLUTYRTYRDD1 - 1861 - 186
d_22ens_2ARGARGCYSCYSDD188 - 214188 - 214

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.867168948608, -0.490265725447, -0.087507331251), (-0.483965396713, 0.871036386498, -0.0841017727555), (0.117454286236, -0.0305799255723, -0.992607353789)13.0225533232, 1.94583808463, -65.4120739771
2given(-0.875739393393, -0.476238727864, -0.0792287128668), (-0.471447215347, 0.878935832541, -0.07217565668), (0.104009797625, -0.0258549097421, -0.994240154912)13.4254416833, 1.77747845393, -65.0286486531

-
要素

#1: 抗体 anti-MenX Fab heavy chain


分子量: 24436.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment antigen-binding from mouse, heavy chain, with CH1 matching the IgG2 mouse heavy chain sequences.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hek293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-MenX Fab light chain


分子量: 23633.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment antigen-binding from mouse, light chain, with CL matching the IgG2 mouse light chain sequences.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hek293FS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % / 解説: diamond
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate 0.1 M Bis-Tris propane at pH 6.5 20% PEG 3350 (F4 < PACT Premier HT screen Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 47671 / % possible obs: 99.93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 55.42 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 23.09
反射 シェル解像度: 2.16→2.29 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.174 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 7559 / CC1/2: 0.755 / Rrim(I) all: 1.219 / Rsym value: 1.31 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m1g

4m1g


解像度: 2.16→49.49 Å / SU ML: 0.3751 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 1995 4.18 %Random selection
Rwork0.213 45697 --
obs0.215 47665 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6582 0 9 411 7002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00356751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71439202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04651053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.59682419
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.48139254405
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.832655414471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.210.40241390.38293141X-RAY DIFFRACTION97.79
2.21-2.270.3631430.3463226X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.340.35961360.3133236X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.410.35361430.31043229X-RAY DIFFRACTION99.97
2.42-2.50.36881360.32253229X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.60.40291430.33213260X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.720.3771430.30593223X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.30981420.29353257X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.040.30781470.26243229X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.280.31431400.25683271X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.610.27571460.20133288X-RAY DIFFRACTION100
3.61-4.130.2281390.17073309X-RAY DIFFRACTION100
4.13-5.20.17251450.13623326X-RAY DIFFRACTION100
5.2-49.490.22941530.18533473X-RAY DIFFRACTION99.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る