PDB-7omy: Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+ and ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omy

タイトル

Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+ and ssDNA

要素

DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*C)-3')
DarT domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus sp. 2.9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country ..._atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omy.cif.gz	108.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7omy_validation.pdf.gz	745.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7omy_full_validation.pdf.gz	746.5 KB	表示
XML形式データ	7omy_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	7omy_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omuC 7omvC 7omwC 7omxC 7omzC 7on0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ypl-1 5o7n-1 7on0-d 4bt5-d 7omz-d 5ypi-1 1qrz-3 4zej-2 5t7n-d 6twt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DarT domain-containing protein

AeA: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.499, 39.104, 61.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.461, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AAAAeA

#1: タンパク質	DarT domain-containing protein 分子量: 24437.170 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus sp. 2.9 (バクテリア) / 遺伝子: QT17_01930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0B0SG80
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APTPGPTPC)-3') 分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus sp. 2.9* (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 155分子

#3: 化合物	ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / カルバNAD⁺ 分子量: 662.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₇O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM potassium thiocyanate, 10% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.11 Å / Num. obs: 26615 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1958 / CC_1/2: 0.625 / R_pim(I) all: 0.479 / R_rim(I) all: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292116023

解像度: 1.6→37.542 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.623 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	1345	5.057 %
R_work	0.1622	25252	-
all	0.164	-	-
obs	-	26597	99.827 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.741 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.819 Å²	0 Å²	-0.653 Å²
2-	-	-0.222 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.193 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1724	99	59	151	2033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.631	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.454	1.622	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.265	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.802	20.481	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.562	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.903	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.11	1.559	847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.106	1.558	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.651	2.332	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.652	2.332	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.759	1.795	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.756	1.794	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.699	2.6	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.697	2.6	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.291	18.846	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.222	18.621	2269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.285	106	0.285	1838	X-RAY DIFFRACTION	98.881
1.641-1.686	0.28	87	0.261	1806	X-RAY DIFFRACTION	99.5268
1.686-1.735	0.219	95	0.219	1719	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.735-1.788	0.259	82	0.214	1744	X-RAY DIFFRACTION	99.9453
1.788-1.847	0.24	97	0.203	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.8848
1.847-1.911	0.19	77	0.184	1605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-1.983	0.218	78	0.176	1555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.983-2.064	0.2	80	0.165	1496	X-RAY DIFFRACTION	99.9366
2.064-2.156	0.184	73	0.159	1434	X-RAY DIFFRACTION	99.9337
2.156-2.261	0.183	74	0.157	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.382	0.183	61	0.145	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.382-2.526	0.202	61	0.143	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.526-2.7	0.195	61	0.149	1172	X-RAY DIFFRACTION	99.8381
2.7-2.915	0.207	56	0.151	1080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.915-3.192	0.154	62	0.143	997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.565	0.207	51	0.147	917	X-RAY DIFFRACTION	99.8968
3.565-4.111	0.17	46	0.138	798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.111-5.021	0.166	43	0.134	681	X-RAY DIFFRACTION	99.8621
5.021-7.043	0.193	33	0.175	543	X-RAY DIFFRACTION	100
7.043-37.542	0.247	22	0.154	320	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.8792 Å / Origin y: 1.3205 Å / Origin z: 15.8613 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0163 Å²	0.0098 Å²	-0.0101 Å²	-	0.055 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.0166 Å²
L	0.877 °²	-0.0612 °²	0.4439 °²	-	0.8742 °²	0.2192 °²	-	-	0.3 °²
S	-0.0548 Å °	0.0284 Å °	-0.0283 Å °	0.0965 Å °	0.09 Å °	-0.0525 Å °	0.0007 Å °	0.0302 Å °	-0.0351 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	303
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	304
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	601 - 605

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AAAAeA

-
非ポリマー , 4種, 155分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AAAAeA

-非ポリマー , 4種, 155分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AAAAeA

-
非ポリマー , 4種, 155分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)