PDB-7omu: Thermosipho africanus DarTG in complex with ADP-ribose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omu

タイトル

Thermosipho africanus DarTG in complex with ADP-ribose

要素

Macro domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / MACRODOMAIN / ADP-ribosyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosipho africanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country ..._atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omu.cif.gz	304.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omvC 7omwC 7omxC 7omyC 7omzC 7on0C 5m31S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7omu-2 5gng-d 3q6d-1 1rzu-1 2idr-d 3q0b-1 2xci-3 5bt8-2 3q6d-2 4qvu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Macro domain-containing protein

BBB: Macro domain-containing protein

ヘテロ分子

94.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Macro domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Macro domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.458, 187.458, 187.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 5 - 387 / Label seq-ID: 23 - 405

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Macro domain-containing protein 分子量: 46712.316 Da / 分子数: 2 / 変異: E152A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosipho africanus (バクテリア) 遺伝子: H17ap60334_07413 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: K2PFJ6
#2: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 8% (w/v) PEG 20,000, 8% (v/v) PEG500MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→93.73 Å / Num. obs: 22975 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.96→3.04 Å / R_merge(I) obs: 1.713 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1690 / CC_1/2: 0.533 / R_pim(I) all: 0.545 / R_rim(I) all: 1.799

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M31

5m31

解像度: 2.96→76.647 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 45.771 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.4 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	1142	5.006 %
R_work	0.2107	21671	-
all	0.213	-	-
obs	-	22813	99.455 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.96→76.647 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6122	0	72	0	6194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.644	8570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	1.583	14324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.652	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.398	22.013	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.951	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.171	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.698	8.292	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.696	8.291	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.684	12.433	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.684	12.434	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.447	8.766	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.447	8.768	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.337	13.017	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.337	13.019	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.806	93.62	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.805	93.638	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	11935

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06002	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06002	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.96-3.037	0.426	93	0.413	1535	X-RAY DIFFRACTION	98.5472
3.037-3.12	0.443	84	0.368	1537	X-RAY DIFFRACTION	98.3617
3.12-3.211	0.387	97	0.348	1461	X-RAY DIFFRACTION	98.7952
3.211-3.309	0.337	77	0.323	1466	X-RAY DIFFRACTION	99.2921
3.309-3.418	0.369	90	0.303	1395	X-RAY DIFFRACTION	99.3311
3.418-3.537	0.266	66	0.266	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.3831
3.537-3.671	0.281	62	0.228	1338	X-RAY DIFFRACTION	99.5025
3.671-3.82	0.221	56	0.208	1285	X-RAY DIFFRACTION	99.8511
3.82-3.99	0.236	69	0.192	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.6201
3.99-4.184	0.234	51	0.186	1173	X-RAY DIFFRACTION	99.9184
4.184-4.41	0.15	53	0.15	1128	X-RAY DIFFRACTION	99.8309
4.41-4.677	0.229	60	0.165	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
4.677-4.999	0.219	40	0.161	1018	X-RAY DIFFRACTION	99.9056
4.999-5.398	0.276	43	0.201	966	X-RAY DIFFRACTION	100
5.398-5.912	0.279	44	0.185	855	X-RAY DIFFRACTION	100
5.912-6.606	0.25	33	0.191	801	X-RAY DIFFRACTION	100
6.606-7.622	0.212	31	0.184	699	X-RAY DIFFRACTION	99.8632
7.622-9.319	0.151	38	0.151	587	X-RAY DIFFRACTION	99.8403
9.319-13.115	0.149	37	0.149	463	X-RAY DIFFRACTION	100
13.115-76.647	0.481	18	0.343	276	X-RAY DIFFRACTION	98.6577

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5091	0.2199	0.2743	2.4036	0.7665	2.2007	-0.0167	-0.0528	0.0231	0.0453	0.0012	0.0689	-0.0811	-0.2027	0.0155	0.0823	0.0226	0.0069	0.0267	-0.0185	0.2273	66.2611	-26.839	-20.627
2	2.6443	-0.27	-0.4549	1.2809	-0.2368	2.5234	-0.0065	0.1067	0.2676	-0.0014	-0.1166	-0.0089	-0.2274	-0.0667	0.1231	0.054	-0.0173	-0.0193	0.0565	-0.0674	0.2717	60.2391	-42.1008	10.5449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	5 - 387
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	5 - 387

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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