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Yorodumi- PDB-2xci: Membrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aqui... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xci | ||||||
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Title | Membrane-embedded monofunctional glycosyltransferase WaaA of Aquifex aeolicus, substrate-free form | ||||||
Components | 3-DEOXY-D-MANNO-2-OCTULOSONIC ACID TRANSFERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / KDTA / GSEA / GLYCOSYLTRANSFERASE SUPERFAMILY B / GT-B | ||||||
Function / homology | Function and homology information lipid IVA 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid transferase / Kdo transferase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / transferase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | AQUIFEX AEOLICUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Schmidt, H. / Hansen, G. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Structural and Mechanistic Analysis of the Membrane-Embedded Glycosyltransferase Waaa Required for Lipopolysaccharide Synthesis. Authors: Schmidt, H. / Hansen, G. / Singh, S. / Hanuszkiewicz, A. / Lindner, B. / Fukase, K. / Woodard, R.W. / Holst, O. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U. / Mesters, J.R. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: Waaa of the Hyperthermophilic Bacterium Aquifex Aeolicus is a Monofunctional 3-Deoxy-D-Manno-Oct-2- Ulosonic Acid Transferase Involved in Lipopolysaccharide Biosynthesis. Authors: Mamat, U. / Schmidt, H. / Munoz, E. / Lindner, B. / Fukase, K. / Hanuszkiewicz, A. / Wu, J. / Meredith, T.C. / Woodard, R.W. / Hilgenfeld, R. / Mesters, J.R. / Holst, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xci.cif.gz | 584.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xci.ent.gz | 499.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xci.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2xci_validation.pdf.gz | 508.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2xci_full_validation.pdf.gz | 546 KB | Display | |
Data in XML | 2xci_validation.xml.gz | 56.7 KB | Display | |
Data in CIF | 2xci_validation.cif.gz | 75.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xci | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43278.785 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) AQUIFEX AEOLICUS (bacteria) / Strain: AQ_326 / Plasmid: PUM216 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): SI-216 / References: UniProt: O66663 |
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-Non-polymers , 6 types, 274 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PG4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.27 % Description: DERIVATIVE USED FOR THIS EXPERIMENT IS K3IRCL6 POTASSIUM HEXACHLORO IRIDATE (III) |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND ...Details: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10-15 MG/ML, 25 MM TRIS-HCL, PH 8.7, 0.1 M NACL, 10% GLYCEROL, 2 MM CYMAL-6, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR (100 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 35-40% (V/V) PEG 400, 200 MM NA-CITRATE, 50 MM 2-MERCAPTOETHANOL) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1.255 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.255 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→29.85 Å / Num. obs: 115974 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS Starting model: NONE Resolution: 2→29.854 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.247 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.854 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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