PDB-7omx: Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omx

タイトル

Thermus sp. 2.9 DarT in complex with carba-NAD+

要素

DarT domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus sp. 2.9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country ..._atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omx.cif.gz	96.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omuC 7omvC 7omwC 7omyC 7omzC 7on0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kxj-1 2pxx-d 3hy7-2 6yjm-1 1drf-d 6mfc-2 1o2m-d 5hvb-d 2c2t-1 2w3a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DarT domain-containing protein

ヘテロ分子

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.034, 71.282, 85.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DarT domain-containing protein 分子量: 24437.170 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus sp. 2.9 (バクテリア) / 遺伝子: QT17_01930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0B0SG80
#2: 化合物	ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / カルバNAD⁺ 分子量: 662.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₇O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 64 mM potassium thiocyanate, 20% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→54.77 Å / Num. obs: 33587 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / R_merge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2218 / CC_1/2: 0.581 / R_pim(I) all: 0.514 / R_rim(I) all: 1.072

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292116023

解像度: 1.52→42.771 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.335 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	1642	4.899 %
R_work	0.1733	31878	-
all	0.175	-	-
obs	-	33520	99.139 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.115 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.053 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.062 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→42.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1607	0	47	210	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.66	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.356	1.573	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.775	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.206	20.947	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.444	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.148	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.166	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.874	1.483	801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.872	1.482	799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.418	2.215	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.418	2.215	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.433	1.676	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.379	1.674	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.195	2.449	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.171	2.448	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.43	18.505	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.242	17.867	1988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.559	0.292	90	0.285	2102	X-RAY DIFFRACTION	89.3235
1.559-1.602	0.269	112	0.242	2258	X-RAY DIFFRACTION	99.2047
1.602-1.648	0.226	114	0.226	2211	X-RAY DIFFRACTION	99.914
1.648-1.699	0.231	107	0.216	2155	X-RAY DIFFRACTION	99.9558
1.699-1.754	0.273	97	0.203	2123	X-RAY DIFFRACTION	99.955
1.754-1.816	0.195	117	0.178	1999	X-RAY DIFFRACTION	99.9528
1.816-1.884	0.19	100	0.171	1967	X-RAY DIFFRACTION	100
1.884-1.961	0.167	86	0.167	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.961-2.048	0.232	98	0.165	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.9479
2.048-2.148	0.154	89	0.154	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.263	0.202	85	0.162	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.4	0.215	85	0.159	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.566	0.25	84	0.164	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.566-2.77	0.197	81	0.161	1379	X-RAY DIFFRACTION	99.9316
2.77-3.033	0.195	70	0.157	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.9253
3.033-3.389	0.146	64	0.146	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.389-3.91	0.218	51	0.157	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.778	0.149	50	0.147	887	X-RAY DIFFRACTION	100
4.778-6.716	0.256	36	0.193	721	X-RAY DIFFRACTION	100
6.716-42.771	0.235	26	0.214	436	X-RAY DIFFRACTION	99.784

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.6524 Å / Origin y: -5.7251 Å / Origin z: -11.2934 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0031 Å²	-0.004 Å²	-0.0027 Å²	-	0.0189 Å²	0.0095 Å²	-	-	0.0085 Å²
L	0.6699 °²	-0.1042 °²	-0.0185 °²	-	0.0263 °²	-0.0585 °²	-	-	0.3916 °²
S	0.0315 Å °	-0.0017 Å °	0.0027 Å °	-0.0071 Å °	-0.0041 Å °	0.0027 Å °	0.0148 Å °	0.0003 Å °	-0.0273 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	5 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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