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万見
- PDB-7ol3: Human ATL1 N417ins (catalytic core) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ol3
タイトルHuman ATL1 N417ins (catalytic core)
要素Atlastin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Dynamin-related protein / membrane fusion / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / Golgi cis cisterna membrane / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / Golgi cis cisterna membrane / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / axon / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Atlastin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kelly, C.M. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A novel insertion mutation in atlastin 1 is associated with spastic quadriplegia, increased membrane tethering, and aberrant conformational switching.
著者: Kelly, C.M. / Zeiger, P.J. / Narayanan, V. / Ramsey, K. / Sondermann, H.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atlastin-1
B: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3728
ポリマ－105,2312
非ポリマー1,1416
水17,042946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.090, 115.003, 184.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Atlastin-1 / Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide- ...Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide-binding protein 3 / Spastic paraplegia 3 protein A


分子量: 52615.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL1, GBP3, SPG3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WXF7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 2% Tacsimate pH 8, 18% PEG 3,350, 25% Glycerol (cryo-protection)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.43 Å / Num. obs: 82941 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.79
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 8042 / CC1/2: 0.335

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
PHENIX1.19_4080精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IDQ

4idq


解像度: 1.9→47.43 Å / SU ML: 0.2296 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2164
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2000 2.41 %
Rwork0.1734 80910 -
obs0.1745 82910 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6802 0 68 946 7816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00667066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86369561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05191037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.78222655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.35451380.31865542X-RAY DIFFRACTION96.96
1.95-20.26791400.26255661X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.26411410.23455760X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.26741420.21735728X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.27471410.20535713X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.25871420.20125721X-RAY DIFFRACTION99.98
2.29-2.390.23451420.19825761X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.520.22561420.17585753X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.22221430.16515795X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.880.22771440.16085791X-RAY DIFFRACTION99.95
2.88-3.180.21441420.15735788X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.630.16361450.13825822X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.580.18031450.1285927X-RAY DIFFRACTION100
4.58-47.430.21261530.17116148X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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