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- PDB-7ojx: E2 UBE2K covalently linked to donor Ub, acceptor di-Ub, and RING ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ojx | |||||||||
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Title | E2 UBE2K covalently linked to donor Ub, acceptor di-Ub, and RING E3 primed for K48-linked Ub chain synthesis | |||||||||
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![]() | LIGASE / UBIQUITIN / RING E3 / E2 | |||||||||
Function / homology | ![]() free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope ...free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / ubiquitin conjugating enzyme activity / sperm flagellum / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / male gonad development / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Majorek, K.A. / Nakasone, M.A. / Huang, D.T. | |||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of UBE2K-Ub/E3/polyUb reveals mechanisms of K48-linked Ub chain extension. Authors: Nakasone, M.A. / Majorek, K.A. / Gabrielsen, M. / Sibbet, G.J. / Smith, B.O. / Huang, D.T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 169 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 485 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 9135.328 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9H0F5, RING-type E3 ubiquitin transferase |
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#2: Protein | Mass: 22600.762 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C92K, K97R, D124C, C170S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P61086, E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
-Polyubiquitin- ... , 3 types, 3 molecules CDE
#3: Protein | Mass: 8778.012 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#4: Protein | Mass: 8550.794 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K48C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#5: Protein | Mass: 8576.831 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 53 molecules 




#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ME7 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Crystals were grown in: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis Tris propane 7.5 and 20 % (w/v) PEG 3350. The crystallization drops were set as a 1:1 mixture of the protein complex solution and the precipitant solution. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2020 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9119 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→74.34 Å / Num. obs: 28670 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 62.67 Å2 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 246998 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1YLA, 1UBQ, 4V3L Resolution: 2.4→74.34 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 237.02 Å2 / Biso mean: 94.6641 Å2 / Biso min: 42.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→74.34 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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