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万見
- PDB-6lvw: Polyextremophilic Beta-galactosidase from the Antarctic haloarcha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lvw
タイトルPolyextremophilic Beta-galactosidase from the Antarctic haloarchaeon Halorubrum lacusprofundi
要素Beta-galactosidase Bga
キーワードHYDROLASE / polyextremophilic enzyme / halophile / psychrophile / extremozyme / extremophile / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase Bga
類似検索 - 構成要素
生物種Halorubrum lacusprofundi
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Muhammad, R. / Arold, S.T.
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2020
タイトル: Understanding High-Salt and Cold Adaptation of a Polyextremophilic Enzyme.
著者: Karan, R. / Mathew, S. / Muhammad, R. / Bautista, D.B. / Vogler, M. / Eppinger, J. / Oliva, R. / Cavallo, L. / Arold, S.T. / Rueping, M.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase Bga
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2263
ポリマ－78,1361
非ポリマー902
水543
1
A: Beta-galactosidase Bga
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase Bga
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase Bga
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,6789
ポリマ－234,4093
非ポリマー2696
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area62730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.130, 100.130, 137.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase Bga / Polyextremophilic Beta-galactosidase / Beta-gal


分子量: 78136.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorubrum lacusprofundi (strain ATCC 49239 / DSM 5036 / JCM 8891 / ACAM 34) (古細菌)
株: ATCC 49239 / DSM 5036 / JCM 8891 / ACAM 34 / 遺伝子: Hlac_2868 / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: B9LW38, beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 85 mM Tris-HCl (pH 8.5), 142 mM MgCl2, 2.78 M 1,6-hexanediol, 450 mM NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50.07 Å / Num. obs: 27127 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 539186 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.5615.90.045782979318780.5471.1624.7290.693.2
11.15-50.0716.30.0552023200.9990.0120.0525899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KWG

1kwg


解像度: 2.493→34.357 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 44.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3075 1230 5.21 %
Rwork0.2456 --
obs0.2489 23595 86.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 251.44 Å2 / Biso mean: 100.9852 Å2 / Biso min: 39.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.493→34.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5275 0 2 3 5280
Biso mean--93.92 66.24 -
残基数----668
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.493-2.59240.53611100.4814174662
2.5924-2.71030.53531020.4228198669
2.7103-2.85310.41481360.3528217677
2.8531-3.03180.40181230.3472245585
3.0318-3.26570.3761390.3132262692
3.2657-3.5940.30941420.2729274896
3.594-4.11330.31431450.2431285399
4.1133-5.17950.29531590.21212867100
5.1795-34.3570.2651740.21062908100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2566 Å / Origin y: 37.2514 Å / Origin z: 2.3014 Å
111213212223313233
T0.6727 Å20.3605 Å20.0491 Å2-0.609 Å2-0.0237 Å2--0.5656 Å2
L1.4473 °20.1849 °2-0.088 °2-0.9273 °2-0.1526 °2--2.728 °2
S0.0682 Å °0.0273 Å °-0.1816 Å °-0.0438 Å °-0.0767 Å °-0.1836 Å °1.0317 Å °0.951 Å °0.0117 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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