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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oj7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human coxsackievirus A24v in complex with a pentavalent N-acetylneuraminic acid conjugate | |||||||||
![]() | (Capsid protein ...) x 4 | |||||||||
![]() | VIRUS / human Coxsackievirus A24v / starfish-like inhibitor / corannulene | |||||||||
機能・相同性 | ![]() picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zocher, G. / Stehle, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Exploring the Effect of Structure-Based Scaffold Hopping on the Inhibition of Coxsackievirus A24v Transduction by Pentavalent N-Acetylneuraminic Acid Conjugates. 著者: Emil Johansson / Rémi Caraballo / Daniel L Hurdiss / Nitesh Mistry / C David Andersson / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / Georg Zocher / Thilo Stehle / Niklas Arnberg / Mikael Elofsson / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Coxsackievirus A24 variant (CVA24v) is the primary causative agent of the highly contagious eye infection designated acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC). It is solely responsible for two pandemics ...Coxsackievirus A24 variant (CVA24v) is the primary causative agent of the highly contagious eye infection designated acute hemorrhagic conjunctivitis (AHC). It is solely responsible for two pandemics and several recurring outbreaks of the disease over the last decades, thus affecting millions of individuals throughout the world. To date, no antiviral agents or vaccines are available for combating this disease, and treatment is mainly supportive. CVA24v utilizes Neu5Ac-containing glycans as attachment receptors facilitating entry into host cells. We have previously reported that pentavalent Neu5Ac conjugates based on a glucose-scaffold inhibit CVA24v infection of human corneal epithelial cells. In this study, we report on the design and synthesis of scaffold-replaced pentavalent Neu5Ac conjugates and their effect on CVA24v cell transduction and the use of cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to study the binding of these multivalent conjugates to CVA24v. The results presented here provide insights into the development of Neu5Ac-based inhibitors of CVA24v and, most significantly, the first application of cryo-EM to study the binding of a multivalent ligand to a lectin. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-Capsid protein ... , 4種, 4分子 111222333444
#1: タンパク質 | 分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
-糖 , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/0H0.gif)
#7: 糖 | ChemComp-0H0 / |
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-非ポリマー , 3種, 826分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→49.962 Å / Num. obs: 1921680 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rrim(I) all: 0.282 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 1.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 308924 / CC1/2: 0.506 / Rrim(I) all: 1.428 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Q4W 解像度: 1.78→49.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 2.14 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.077 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→49.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20
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