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- PDB-7ofx: Crystal structure of a GH31 family sulfoquinovosidase mutant D455... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofx
タイトルCrystal structure of a GH31 family sulfoquinovosidase mutant D455N from Agrobacterium tumefaciens in complex with sulfoquinovosyl glycerol (SQGro)
要素Alpha-glucosidase yihQ
キーワードHYDROLASE / sulfoquinovose / SQGro / sulfoquinovosyl glycerol / SQDG / sulfoglycolysis / sulfo-EMP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alpha-glucosidase / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Sulfoquinovosidase YihQ-like / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VCW / Alpha-glucosidase yihQ
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Oxidative desulfurization pathway for complete catabolism of sulfoquinovose by bacteria.
著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, ...著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / McConville, M.J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase yihQ
C: Alpha-glucosidase yihQ
D: Alpha-glucosidase yihQ
B: Alpha-glucosidase yihQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,1998
ポリマ－300,9264
非ポリマー1,2734
水7,909439
1
A: Alpha-glucosidase yihQ
B: Alpha-glucosidase yihQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,0994
ポリマ－150,4632
非ポリマー6372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alpha-glucosidase yihQ
D: Alpha-glucosidase yihQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,0994
ポリマ－150,4632
非ポリマー6372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.534, 168.396, 100.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22D
13A
23B
14C
24D
15C
25B
16D
26B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEUAA2 - 6602 - 660
21HISHISLEULEUCB2 - 6602 - 660
12METMETLEULEUAA1 - 6601 - 660
22METMETLEULEUDC1 - 6601 - 660
13METMETLEULEUAA1 - 6601 - 660
23METMETLEULEUBD1 - 6601 - 660
14HISHISARGARGCB2 - 6612 - 661
24HISHISARGARGDC2 - 6612 - 661
15HISHISARGARGCB2 - 6612 - 661
25HISHISARGARGBD2 - 6612 - 661
16METMETTHRTHRDC1 - 6621 - 662
26METMETTHRTHRBD1 - 6621 - 662

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-glucosidase yihQ


分子量: 75231.438 Da / 分子数: 4 / 変異: D455N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: SY94_3281 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV2, alpha-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-VCW / [(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methanesulfonic acid / sulfoquinovosyl glycerol / SQGro


分子量: 318.298 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 24% PEG 3350 w/v, 0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→61.51 Å / Num. obs: 153301 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 442708 / Scaling rejects: 162
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.190.6862236977290.6240.4590.8291.698.9
11.78-61.510.03726669180.9960.0250.04524.692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHT

5oht


解像度: 2.15→61.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.942 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 7734 5 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1957 145522 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.95 Å2 / Biso mean: 28.618 Å2 / Biso min: 2.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å2-1.76 Å2
2---0.38 Å2-0 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→61.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20405 0 80 439 20924
Biso mean--22.24 23.37 -
残基数----2650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01321076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01718768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.63728727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3471.57342948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21552646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46121.31115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.885152973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.65115142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0224403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025269
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A215760.04
12C215760.04
21A215940.04
22D215940.04
31A215090.05
32B215090.05
41C216110.04
42D216110.04
51C214510.05
52B214510.05
61D215200.06
62B215200.06
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 567 -
Rwork0.293 10906 -
all-11473 -
obs--98.84 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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