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- PDB-7oaw: Crystal structure of the Chili RNA aptamer in complex with DMHBI+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oaw
タイトルCrystal structure of the Chili RNA aptamer in complex with DMHBI+
要素Chili RNA Aptamer
キーワードRNA / RNA aptamer / aptamer / Chili / fluorogenic RNA
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / SPERMINE / DMHBI+ / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Mieczkowski, M. / Pena, V. / Hoebartner, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)682586 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Large Stokes shift fluorescence activation in an RNA aptamer by intermolecular proton transfer to guanine.
著者: Mieczkowski, M. / Steinmetzger, C. / Bessi, I. / Lenz, A.K. / Schmiedel, A. / Holzapfel, M. / Lambert, C. / Pena, V. / Hobartner, C.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chili RNA Aptamer
B: Chili RNA Aptamer
C: Chili RNA Aptamer
D: Chili RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,16228
ポリマ－67,7284
非ポリマー4,43424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area35320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.071, 100.031, 113.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
Chili RNA Aptamer


分子量: 16932.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 24分子

#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-V6T / DMHBI+ / 5-[(3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-phenyl)methyl]-2-methyl-3-[4-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)phenyl]-2~{H}-imidazol-4-one


分子量: 396.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, MES, Spermine tetrahydrochloride / PH範囲: 5.4 - 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→49.48 Å / Num. obs: 15716 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 101.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.89→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2474 / CC1/2: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OA3

7oa3


解像度: 2.95→46.44 Å / SU ML: 0.5638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.5422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1253 4.77 %
Rwork0.2184 25042 -
obs0.221 14204 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4378 273 0 4651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00145163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48728042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.01941034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0016218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.79942525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.070.512770.64662024X-RAY DIFFRACTION69.09
3.07-3.210.44921280.43562883X-RAY DIFFRACTION98.5
3.21-3.380.41551560.37252845X-RAY DIFFRACTION98.98
3.38-3.590.44281340.34692904X-RAY DIFFRACTION99.41
3.59-3.870.2931540.26222875X-RAY DIFFRACTION98.99
3.87-4.250.24961450.21392873X-RAY DIFFRACTION99.51
4.25-4.870.29461250.19872912X-RAY DIFFRACTION99.7
4.87-6.130.21351740.16942861X-RAY DIFFRACTION99.38
6.13-46.440.1981600.13722865X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0390407038628 Å / Origin y: 1.35467901234 Å / Origin z: 3.29944026693 Å
111213212223313233
T1.18599562142 Å20.0563770253927 Å2-0.003616238201 Å2-0.524129531812 Å2-0.0376415898672 Å2--0.637271517384 Å2
L1.07025019071 °20.312771660866 °2-0.155288935456 °2-0.516350938693 °2-0.511714748771 °2--1.64704193743 °2
S0.0443615957352 Å °0.00865002743288 Å °-0.170980505825 Å °-0.167120052236 Å °0.00473524363532 Å °-0.0278328909049 Å °-0.25731518144 Å °-0.0932125780943 Å °-0.0504027355913 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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