PDB-7oax: Crystal structure of the Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oax

タイトル

Crystal structure of the Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+

要素

Chili RNA Aptamer

キーワード

RNA / RNA aptamer / aptamer / Chili / fluorogenic RNA

機能・相同性

GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / SPERMINE / DMHBO+ / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Mieczkowski, M. / Pena, V. / Hoebartner, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Large Stokes shift fluorescence activation in an RNA aptamer by intermolecular proton transfer to guanine.
著者: Mieczkowski, M. / Steinmetzger, C. / Bessi, I. / Lenz, A.K. / Schmiedel, A. / Holzapfel, M. / Lambert, C. / Pena, V. / Hobartner, C.

履歴

登録	2021年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oax.cif.gz	295.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oax.ent.gz	200 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oax	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
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登録構造単位

A: Chili RNA Aptamer

B: Chili RNA Aptamer

C: Chili RNA Aptamer

D: Chili RNA Aptamer

ヘテロ分子

73.1 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.324, 100.352, 113.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖	Chili RNA Aptamer 分子量: 16932.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 67分子

#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-V5Z / DMHBO+ / [4-[(4Z)-4-[(3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-phenyl)methylidene]-2-[(Z)-hydroxyiminomethyl]-5-oxidanylidene-imidazol-1-yl]phenyl]-trimethyl-azanium 分子量: 425.458 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, MES, Spermine tetrahydrochloride / PH範囲: 5.4 - 5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→40.97 Å / Num. obs: 25428 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 61.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.24→2.34 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1271 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OA3

7oa3

解像度: 2.24→40.97 Å / SU ML: 0.336 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.5005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	1269	5 %
R_work	0.2021	24114	-
obs	0.204	25382	76.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→40.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4400	336	37	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	5246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5602	8138
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0241	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0019	224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9461	2568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.33	0.45	41	0.4009	768	X-RAY DIFFRACTION	22.29
2.33-2.44	0.5386	54	0.3733	1054	X-RAY DIFFRACTION	30.63
2.44-2.57	0.3842	83	0.3371	1556	X-RAY DIFFRACTION	45.04
2.57-2.73	0.4045	163	0.3622	3097	X-RAY DIFFRACTION	89.66
2.73-2.94	0.3608	182	0.341	3455	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.94-3.23	0.3099	182	0.2633	3483	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.23-3.7	0.2981	183	0.2319	3490	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.7-4.66	0.2053	186	0.165	3533	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.66-40.97	0.1553	195	0.1369	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.91083938271	-0.90474578245	5.00790269884	9.11080090861	1.34117907166	7.95947267252	0.514164855134	-1.26447698691	-0.36176474407	-1.37043035377	-0.392073834176	1.08755709688	0.00418311286012	0.299535511355	-0.306299716266	0.695297044987	-0.127257556748	-0.142709845301	0.844091678314	-0.0458792172548	0.816271251801	-2.89514312586	-18.1895592466	-25.0064865353
2	2.94295678729	1.15419709744	1.13836529242	3.40480496931	2.5029455147	3.73097089266	-0.0198721480911	0.0692921089278	-0.550936655837	0.687036464077	0.0990860827802	-0.392673221673	0.268561490784	0.221953423681	-0.105145059603	0.512175590242	0.0901450965469	0.0590242344694	0.369353260637	-0.000208080308554	0.45604275901	11.3702252221	-7.6755599014	1.2479309
3	9.26578816639	2.01240120366	1.57915182545	2.11059937995	0.574075134569	3.30641522385	-0.0838279766834	0.344428311284	-0.553736078088	1.77862734375	0.195900104451	-0.342911640044	0.659163863448	0.629419234095	-0.102492172081	0.618891989625	0.106921546966	-0.0389526565561	0.390835212599	0.0361477835838	0.543416267807	17.1822966327	-7.69160651596	-0.0477556867486
4	1.34389704303	-1.95032285766	-3.1464385059	3.2098030947	4.8670127099	7.60628348672	0.253174975547	0.766425346832	-1.53306904275	-1.74547718959	-0.162525680464	-0.829116343891	-0.123250311558	1.15573888756	-0.27473507049	0.997512538704	0.324665225946	0.146243126716	0.826469805094	-0.209172635697	0.774946277596	11.7078993377	-14.5555608402	-16.1078025179
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 6 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 7 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 through 31 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 32 through 36 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 37 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 47 through 52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 31 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 36 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 37 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 32 through 36 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 37 through 52 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 2 through 31 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 32 through 36 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 37 through 52 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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