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- PDB-7oa3: Crystal structure of Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+ (Ir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oa3
タイトルCrystal structure of Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+ (Iridium hexammine co-crystallized form)
要素Chili RNA Aptamer
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA aptamer / aptamer (アプタマー) / Chili / fluorogenic RNA
機能・相同性グアノシン三リン酸 / : / : / DMHBO+ / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mieczkowski, M. / Pena, V. / Hoebartner, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)682586 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Large Stokes shift fluorescence activation in an RNA aptamer by intermolecular proton transfer to guanine.
著者: Mieczkowski, M. / Steinmetzger, C. / Bessi, I. / Lenz, A.K. / Schmiedel, A. / Holzapfel, M. / Lambert, C. / Pena, V. / Hobartner, C.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chili RNA Aptamer
B: Chili RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,92717
ポリマ－33,8642
非ポリマー3,06315
水0
1
A: Chili RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5609
ポリマ－16,9321
非ポリマー1,6288
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chili RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3688
ポリマ－16,9321
非ポリマー1,4367
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.605, 54.026, 87.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.494, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 2 through 33 or (resid 34...A2 - 54
221(chain 'B' and (resid 2 through 52 or resid 53 through 58))B2 - 54

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 Chili RNA Aptamer


分子量: 16932.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-V5Z / DMHBO+ / [4-[(4Z)-4-[(3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-phenyl)methylidene]-2-[(Z)-hydroxyiminomethyl]-5-oxidanylidene-imidazol-1-yl]phenyl]-trimethyl-azanium


分子量: 425.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG400, MES , spermine tetrahydrochloride, iridium (III) hexamine
PH範囲: 5.4 - 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.1035 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1035 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.92 Å / Num. obs: 8215 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 132.08 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1177 / CC1/2: 0.534 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.92 Å / SU ML: 0.6033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 41.8568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 783 4.99 %
Rwork0.225 14923 -
obs0.2262 8166 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 155.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2170 137 0 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47323984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0208515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0017109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.05961235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.980.50531280.58442441X-RAY DIFFRACTION96.94
2.98-3.210.40051160.39812499X-RAY DIFFRACTION98.72
3.21-3.530.38141230.32942501X-RAY DIFFRACTION99.47
3.53-4.040.27471400.25672488X-RAY DIFFRACTION99.47
4.04-5.090.24161370.24792492X-RAY DIFFRACTION99.77
5.09-45.920.19731390.17552502X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.266804016 Å / Origin y: -1.0567545672 Å / Origin z: 9.69210838555 Å
111213212223313233
T1.29566517124 Å20.0724879028518 Å2-0.0706067965462 Å2-1.62766816991 Å20.0294214180278 Å2--1.32746721149 Å2
L2.0477493191 °2-0.613158765364 °2-0.0775412634411 °2-3.02046184615 °2-0.982505443836 °2--1.48066308345 °2
S-0.114915932274 Å °0.294080626874 Å °0.0794136153807 Å °0.519704779046 Å °0.274622965586 Å °0.585350480323 Å °0.193721830238 Å °0.492753812392 Å °-0.235121006668 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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