PDB-7o9f: Bacillus subtilis Ffh in complex with ppGpp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o9f

タイトル

Bacillus subtilis Ffh in complex with ppGpp

要素

Signal recognition particle protein

キーワード

TRANSLATION / stringent response / targeting complex / signal recognition particle / alarmones / stress

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Czech, L. / Mais, C.-N. / Bange, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Inhibition of SRP-dependent protein secretion by the bacterial alarmone (p)ppGpp.
著者: Laura Czech / Christopher-Nils Mais / Hanna Kratzat / Pinku Sarmah / Pietro Giammarinaro / Sven-Andreas Freibert / Hanna Folke Esser / Joanna Musial / Otto Berninghausen / Wieland Steinchen / ...
要旨: The stringent response enables bacteria to respond to nutrient limitation and other stress conditions through production of the nucleotide-based second messengers ppGpp and pppGpp, collectively known ...

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o9f.cif.gz	359.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o9f.ent.gz	295.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12734C 12735C 13839C 13840C 7o5bC 7o9gC 7o9hC 7o9iC 3ng1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9f-2 7o9f-3 1j8m-d 4pfk-d 6l93-6 6nc4-1 1ciz-2 7o9i-d 1s3n-5 5xz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle protein

B: Signal recognition particle protein

C: Signal recognition particle protein

ヘテロ分子

104 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Signal recognition particle protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Signal recognition particle protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Signal recognition particle protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.280, 163.280, 93.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Signal recognition particle protein / Fifty-four homolog 分子量: 34162.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: ffh, BSU15980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37105
#2: 化合物	ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₅O₁₇P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 30%(v/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→49.12 Å / Num. obs: 43600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.9 % / B_iso Wilson estimate: 74.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1376 / Net I/σ(I): 17.62
反射シェル	解像度: 2.51→2.601 Å / Num. unique obs: 4269 / CC_1/2: 0.488

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NG1

3ng1

解像度: 2.51→49.12 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	2179	5 %
R_work	0.2135	-	-
obs	0.2154	43593	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→49.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6803	0	111	16	6930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.21	9431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.946	950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1106
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.57	0.5242	131	0.4215	2507	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.63	0.3806	134	0.3588	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.69	0.3457	134	0.3253	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.76	0.332	135	0.2954	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.84	0.2817	134	0.2607	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.94	0.3002	134	0.2524	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.04	0.2644	136	0.2565	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.16	0.269	134	0.2699	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.31	0.3292	136	0.2698	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.48	0.3047	135	0.2362	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.7	0.2967	136	0.2218	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.99	0.261	137	0.2132	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.39	0.2447	137	0.1825	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-5.02	0.2009	138	0.1697	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
5.02-6.32	0.2588	140	0.2104	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
6.33-49.12	0.1945	148	0.1801	2802	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5269	-0.3703	-0.3368	1.0827	-0.6441	0.7128	0.0119	0.1833	-1.196	0.2165	0.1169	-0.0017	1.066	0.1724	0.0002	0.6007	-0.01	-0.0758	0.7171	-0.1467	0.9025	7.5745	34.146	-4.8816
2	1.1685	-0.588	0.1538	1.0458	0.0933	0.4037	0.2059	0.6037	-0.3881	-0.0721	-0.3896	0.137	-0.4282	-0.6743	0.0011	0.5448	0.0619	0.0028	0.8271	-0.1219	0.5562	4.3207	43.5193	-10.176
3	2.1339	1.2435	0.8012	3.1017	1.8624	2.3325	0.0265	-0.1746	0.1367	-0.0537	-0.0993	0.1055	-0.0824	-0.1356	-0.0001	0.4755	0.0197	-0.0337	0.5004	0.0049	0.4345	13.2656	65.5411	14.6667
4	0.0071	0.3155	0.0067	0.5196	0.6695	0.1421	0.0974	0.2997	-0.9632	-0.2582	0.406	-0.8023	0.1828	0.3364	0.0019	0.6406	0.0341	-0.0322	0.6676	-0.0458	0.6622	19.8086	49.9861	2.7464
5	1.1574	-0.3801	0.9666	1.288	0.1317	1.8503	-0.2285	-0.338	-0.5676	-0.5326	0.2295	-0.243	0.6134	0.2553	-0.0004	1.0696	0.0618	0.1584	0.7707	0.1533	1.2418	-3.8012	15.4389	10.2155
6	2.5303	0.1625	-0.578	2.5468	-0.9942	2.7181	0.056	-0.2166	-0.1495	0.0166	0.2346	0.2399	0.1415	-0.2974	0.0048	0.557	-0.0703	-0.001	0.6534	0.2102	0.7044	-24.2704	41.4853	12.5422
7	0.4274	0.051	0.3495	0.4323	0.2452	0.5275	-1.0806	0.4716	-0.3694	-0.8946	0.8734	-0.0301	1.0156	-0.1202	0.0015	0.9506	0.0049	0.1057	0.8044	-0.1068	0.9538	17.5083	23.6858	14.6188
8	1.1454	1.5426	0.8761	3.5243	1.1838	1.1842	0.0461	1.4605	-0.6304	-1.3376	0.1164	-1.5145	-0.4565	0.4312	0.1486	0.7456	0.0501	0.1039	0.6817	0.0167	0.9567	25.8768	31.8413	9.8755
9	0.5196	1.3058	-0.1328	1.4096	-0.0581	1.3064	0.1731	-1.0065	0.375	0.3283	0.3259	-0.7666	-0.3533	0.4224	0.0003	0.8596	0.1137	-0.2279	0.9746	-0.0171	1.0209	26.6129	30.0175	25.3539
10	0.5096	0.5609	-0.1373	0.388	0.0217	0.6597	0.2874	-1.3876	-0.3643	0.8098	-0.4861	0.8238	0.9892	-0.7276	-0.0042	1.6237	0.0163	0.1877	1.8967	0.0886	1.0455	-1.7236	26.1349	46.4345
11	5.1239	1.5019	-0.7239	2.055	-1.178	1.5285	0.5204	-1.2962	0.9134	0.6867	-0.2846	0.2744	-0.0539	0.0899	0.8846	1.1532	0.0673	0.0943	1.2564	-0.0772	0.8115	7.4284	32.5101	39.0836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 87 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 300 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 87 through 300 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 18 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 19 through 41 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 42 through 101 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 102 through 168 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 169 through 300 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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