PDB-7o6l: Crystal structure of C. elegans ERH-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o6l

タイトル

Crystal structure of C. elegans ERH-2

要素

Enhancer of rudimentary homolog 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Enhancer of rudimentary ERH Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / cell division / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Falk, S. / Ketting, R.F.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of PETISCO complex assembly during piRNA biogenesis in C. elegans .
著者: Perez-Borrajero, C. / Podvalnaya, N. / Holleis, K. / Lichtenberger, R. / Karaulanov, E. / Simon, B. / Basquin, J. / Hennig, J. / Ketting, R.F. / Falk, S.

履歴

登録	2021年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o6l.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o6l.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o6l_validation.pdf.gz	366.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o6l_full_validation.pdf.gz	366.8 KB	表示
XML形式データ	7o6l_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	7o6l_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o6nC 7ocxC 7oczC 2nmlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nts-2 4l48-2 1yzb-d 4l48-1 5hok-3 3imq-2 3ul4-d 6epa-d 5hok-1 5tjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enhancer of rudimentary homolog 2

B: Enhancer of rudimentary homolog 2

23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, gel filtration and multi angle light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.267, 54.053, 46.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.417, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Enhancer of rudimentary homolog 2 分子量: 11843.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: erh-2, F35G12.11 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20057
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Imidazole/MES pH 6.5, 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (v/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→35.35 Å / Num. obs: 30574 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.67 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 9.99
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 3039 / CC_1/2: 0.558 / CC star: 0.846 / % possible all: 99.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2nml

2nml

解像度: 1.5→31.2 Å / SU ML: 0.1803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7078
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	1502	4.92 %
R_work	0.2006	29051	-
obs	0.2014	30553	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1433	0	1	102	1536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	1459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0418	1969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8055	196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.55	0.3231	133	0.3073	2591	X-RAY DIFFRACTION	98.66
1.55-1.6	0.2744	121	0.2756	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.6-1.67	0.2768	130	0.2681	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.67-1.74	0.2875	138	0.2542	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.74-1.83	0.2608	142	0.2401	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.84-1.95	0.2502	133	0.2102	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.1	0.2327	138	0.2111	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.31	0.2193	136	0.2051	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.31-2.65	0.2171	147	0.1981	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-3.33	0.2294	144	0.2031	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.33-31.2	0.1831	140	0.1774	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.06279264799	-0.188915810949	-1.10772795477	1.76443090476	0.359094981892	2.13604381494	-0.00182915222402	0.0472583667547	-0.00931789308133	0.00551245514887	0.0952750363951	-0.0222190614812	0.0449999780968	0.250239421794	0.0736684043348	0.353129988825	0.0332312471343	0.0854274669508	0.34076809511	-0.0146693429085	0.120790037678	4.86296648968	-7.20246062668	17.281382465
2	1.01504376716	-0.193010509776	0.432396845344	1.64688278931	-0.016765168558	6.28936991536	0.0292699192797	0.153050415957	-0.230029770435	0.0226815486804	-0.0326974593033	0.136697913535	0.387213073617	0.109154118375	0.0675857828714	0.314255207371	-0.00983889994356	0.089099796548	0.341452759065	-0.0309221985461	0.16614793804	4.21203350605	-12.7795280455	20.5084372274
3	2.31892166255	-1.71594529146	0.0274053825053	4.88485707034	-0.0118916388061	2.47200643555	-0.0535626921397	0.22664731488	-0.0375196652431	0.389971028643	-0.100089918647	-0.0137715074834	0.0767789487713	0.0396175683072	0.137524586812	0.303046651174	-0.0231712858661	0.0776455293355	0.328257711037	-0.0200094158463	0.150136387675	11.1797735338	-7.54517310864	22.3810063559
4	3.78360821928	0.740118809999	-2.64045061863	7.08587514352	-5.92559287055	8.34934996977	-0.192900428122	-0.232316224258	-0.261349591117	0.319454801439	-0.203777383663	-0.468091071571	0.0555112885893	0.4856214745	0.368191183545	0.271471366329	-0.0112931471475	0.0511273893223	0.373057682183	-0.0355792602044	0.263485820595	14.9051597491	-10.1605038836	28.8795690026
5	5.31841112875	1.99269321879	-0.465444481334	5.88262331505	-0.963079529069	2.55068592487	0.14139932216	0.332400527869	-0.323964887208	-0.395543074284	-0.0788716218745	-0.011089121792	0.132229838903	0.147391431103	0.0387108077794	0.291138444653	0.0145179220037	0.0680492987543	0.326417251352	-0.0234041736314	0.138006611143	-0.664572118149	-1.91029294786	10.33773788
6	1.81539182532	-0.0216403621461	-0.349824609659	1.37122419694	0.301519837196	4.99260624991	-0.0927413220814	0.440187341578	-0.129885923571	-0.390053554681	-0.0166461781346	-0.0429390881433	0.330640523176	-0.239575121902	0.106136189051	0.535958786773	-0.0256932869673	0.170070117426	0.586445170478	0.0359104436859	0.217803961108	-4.46992653109	4.77583502024	0.84445555671
7	4.19288927619	2.05509881009	0.128214011206	4.22575747433	-0.141526547774	0.53501720066	-0.178604951097	0.375692587851	0.286046049045	-0.460478025106	0.141258498714	0.422222599041	-0.0018152191367	-0.00671441002948	0.00442745888953	0.296578723048	-0.0186563214217	0.0282847835786	0.348633933558	0.0350910427734	0.180613982403	-9.57734270195	5.59960900902	7.14155942053
8	2.15168176916	-0.561303258999	1.03474218802	1.84714516826	-0.856221722622	3.85854584057	-0.169722708082	0.272545866453	0.115877888108	-0.0937817024058	0.0821741113725	-0.159198488739	-0.207584394552	-0.106017094606	0.0375743173505	0.318691852558	-0.0398799744347	0.0878221566736	0.330209999768	0.0155646752971	0.165819027524	-3.15214942851	12.1843721498	12.2438797695

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )	A	A	3 - 16	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 17 through 43 )	A	A	17 - 43	15 - 41
3	3	chain 'A' and (resid 44 through 84 )	A	A	44 - 84	42 - 76
4	4	chain 'A' and (resid 85 through 99 )	A	A	85 - 99	77 - 91
5	5	chain 'B' and (resid 4 through 27 )	B	C	4 - 27	1 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 28 through 42 )	B	C	28 - 42	25 - 39
7	7	chain 'B' and (resid 43 through 74 )	B	C	43 - 74	40 - 63
8	8	chain 'B' and (resid 75 through 97 )	B	C	75 - 97	64 - 86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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