+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nml | |||||||||
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Title | Crystal structure of HEF2/ERH at 1.55 A resolution | |||||||||
Components | Enhancer of rudimentary homolog | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / HEF2/ERH fold / pseudo beta barrel / interaction network / cell cycle | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pyrimidine nucleoside metabolic process / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / midbody / cell cycle / RNA binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.55 Å | |||||||||
Authors | Jin, T.C. / Guo, F. / Serebriiskii, I.G. / Howard, A.J. / Zhang, Y.Z. | |||||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2007 Title: A 1.55 A resolution X-ray crystal structure of HEF2/ERH and insights into its transcriptional and cell-cycle interaction networks. Authors: Jin, T. / Guo, F. / Serebriiskii, I.G. / Howard, A. / Zhang, Y.Z. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nml.cif.gz | 35.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2nml.ent.gz | 23.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nml.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/2nml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/2nml | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y, x, -z. |
-Components
#1: Protein | Mass: 12273.927 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ERH / Plasmid: pET29 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3), B834(DE3) / References: UniProt: P84090 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: PEG 4000, isopropanol, trisodium citrate dihydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | D res low: 50 Å / Redundancy: 7.2 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.55→38.32 Å / Num. obs: 16613 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Num. unique all: 1570 / Χ2: 0.964 / % possible all: 97.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.55→38.32 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 85.441 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.268 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.181 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→38.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
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Xplor file |
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