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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o6n | ||||||
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Title | Crystal structure of C. elegans ERH-2 PID-3 complex | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN BINDING / ERH-2 PID-3 complex piRNA processing PETISCO | ||||||
Function / homology | ![]() 21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / cell division / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Falk, S. / Ketting, R.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of PETISCO complex assembly during piRNA biogenesis in C. elegans . Authors: Perez-Borrajero, C. / Podvalnaya, N. / Holleis, K. / Lichtenberger, R. / Karaulanov, E. / Simon, B. / Basquin, J. / Hennig, J. / Ketting, R.F. / Falk, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 81.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 390.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7o6lSC ![]() 7ocxC ![]() 7oczC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 11843.388 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4486.856 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-FMT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Magnesium formate dihydrate 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.17→48.79 Å / Num. obs: 16511 / % possible obs: 98.93 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.17→2.248 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1463 / CC1/2: 0.646 / CC star: 0.886 / % possible all: 90.04 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7O6L Resolution: 2.17→48.79 Å / SU ML: 0.3055 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.9821 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.17→48.79 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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