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- PDB-2z3r: Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z3r
タイトルCrystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex
要素
  • Interleukin-15
  • Interleukin-15 receptor alpha chain
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / Protein-Protein complex / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extrathymic T cell selection / natural killer cell proliferation / interleukin-15 receptor activity / positive regulation of natural killer cell differentiation / NK T cell proliferation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of tissue remodeling / natural killer cell differentiation / cytokine receptor binding / neutrophil activation ...extrathymic T cell selection / natural killer cell proliferation / interleukin-15 receptor activity / positive regulation of natural killer cell differentiation / NK T cell proliferation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of tissue remodeling / natural killer cell differentiation / cytokine receptor binding / neutrophil activation / regulation of defense response to virus by host / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of T cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / macrophage differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / lymph node development / cell maturation / positive regulation of T cell proliferation / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / response to nutrient levels / positive regulation of immune response / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / negative regulation of neuron projection development / nuclear membrane / endosome / nuclear speck / immune response / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Interleukin-15/Interleukin-21 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Four-helical cytokine-like, core / Sushi/SCR/CCP domain ...Interleukin-15 / Interleukin-15, mammal / Interleukin-15 receptor subunit alpha / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Interleukin-15/Interleukin-21 / Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Four-helical cytokine-like, core / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / Single Sheet / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-15 / Interleukin-15 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chirifu, M. / Yamagata, Y. / Davis, S.J. / Ikemizu, S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the IL-15-IL-15Ralpha complex, a cytokine-receptor unit presented in trans
著者: Chirifu, M. / Hayashi, C. / Nakamura, T. / Toma, S. / Shuto, T. / Kai, H. / Yamagata, Y. / Davis, S.J. / Ikemizu, S.
履歴
登録2007年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-15
B: Interleukin-15 receptor alpha chain
C: Interleukin-15
D: Interleukin-15 receptor alpha chain
E: Interleukin-15
F: Interleukin-15 receptor alpha chain
G: Interleukin-15
H: Interleukin-15 receptor alpha chain
I: Interleukin-15
J: Interleukin-15 receptor alpha chain
K: Interleukin-15
L: Interleukin-15 receptor alpha chain
M: Interleukin-15
N: Interleukin-15 receptor alpha chain
O: Interleukin-15
P: Interleukin-15 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,40220
ポリマ－198,03316
非ポリマー3684
水9,350519
1
A: Interleukin-15
B: Interleukin-15 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9384
ポリマ－24,7542
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Interleukin-15
D: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Interleukin-15
F: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Interleukin-15
H: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Interleukin-15
J: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Interleukin-15
L: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Interleukin-15
N: Interleukin-15 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Interleukin-15
P: Interleukin-15 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9384
ポリマ－24,7542
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.800, 127.035, 191.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-15 / IL-15


分子量: 13258.040 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40933
#2: タンパク質
Interleukin-15 receptor alpha chain / IL-15R-alpha / IL- 15RA


分子量: 11496.108 Da / 分子数: 8 / Fragment: IL-15Ra, residues in database 31-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-15RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13261
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 119902 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique all: 10953 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.723 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24994 2966 2.5 %RANDOM
Rwork0.20499 ---
obs0.20613 116633 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11974 0 24 519 12517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02212229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.771.95316581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65151513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.05425.524496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.296152231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3581535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.25524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.28551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1591.57883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84212505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75934908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0914.54076
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 199 -
Rwork0.25 7890 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0325-0.87321.97093.40120.22283.17980.30390.204-0.5451-0.15960.15390.1040.0618-0.0987-0.4579-0.09820.0072-0.0035-0.05460.0818-0.0082-1.44828.619627.4445
23.22661.84611.07679.05710.42261.55130.1237-0.2682-0.03210.4511-0.0720.1206-0.0654-0.0626-0.0518-0.07070.02890.0626-0.0550.033-0.085415.42469.902843.7928
32.74081.4188-0.63543.2707-0.19691.95270.07620.05380.28180.03430.00970.3497-0.1119-0.0426-0.0859-0.06370.01280.0405-0.07790.0195-0.06519.604643.682339.5854
44.1084.7427-0.64046.19650.2051.71370.3288-0.30730.27360.3585-0.16790.193-0.0270.0437-0.1609-0.07650.01870.0859-0.02920.0082-0.05632.019632.582950.8141
52.45370.21971.87982.04910.48973.09710.1408-0.0006-0.2748-0.07250.14630.04950.1778-0.0853-0.2871-0.0374-0.0016-0.0279-0.03420.0434-0.0925-2.437510.408175.6199
62.3181.60570.58367.68690.14221.20650.1097-0.2516-0.04620.3742-0.0725-0.0332-0.04550.0002-0.0372-0.06160.01650.015-0.02160.0137-0.123415.175711.812692.0728
74.24110.6404-0.54123.0432-0.22091.49380.11550.18080.50740.0096-0.04970.2846-0.03680.0089-0.0658-0.08120.02580.0247-0.06990.0198-0.095519.703345.741588.5822
83.19623.2197-0.31214.39890.06551.26050.233-0.28330.2950.1981-0.12770.049-0.01110.0473-0.1053-0.05540.00030.0345-0.0175-0.0431-0.10221.793634.471599.4674
93.7636-0.04291.0343.58550.03591.65860.1349-0.1506-0.27740.0176-0.08130.03510.04040.0335-0.0537-0.0732-0.01480.025-0.05270.0071-0.173260.533515.968554.5121
102.9722-3.2417-0.36947.14721.4351.90440.04780.2385-0.0841-0.3785-0.03820.1911-0.05850.0832-0.0096-0.0471-0.0175-0.019-0.0135-0.0139-0.1642.905127.154943.3686
112.0674-0.1374-1.53121.41760.00962.79150.0683-0.01610.05910.07550.12750.0529-0.1159-0.0523-0.1958-0.0529-0.00580.0092-0.02660.0669-0.128138.81750.801967.4853
123.4546-2.7332-1.12588.38240.55561.14850.10440.2078-0.0698-0.4144-0.0809-0.23690.0334-0.0665-0.0235-0.0549-0.0320.0252-0.04870.0151-0.134256.217649.763251.1866
134.4338-1.86571.08252.75470.05251.99790.1968-0.1008-0.7275-0.04440.00760.42740.06520.0376-0.2044-0.088-0.0145-0.0381-0.10750.00970.049160.812117.87867.4607
144.28-2.68950.17866.4382.18892.01840.17850.2864-0.3217-0.3365-0.0810.2473-0.07490.0798-0.0975-0.0619-0.0033-0.048-0.0498-0.0512-0.085543.264229.0381-3.8761
153.35020.2939-1.61632.88370.22423.22020.1462-0.08670.14190.11870.10170.0206-0.0477-0.0666-0.2478-0.0468-0.01810.007-0.03820.0793-0.105438.841453.128519.7359
163.7426-2.2467-0.9247.91530.52720.79810.07450.2503-0.099-0.3672-0.0538-0.02070.0545-0.0353-0.0207-0.0412-0.0232-0.0044-0.05270.0177-0.12156.490551.69783.6486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1126 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 706 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1146 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 706 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 1146 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 706 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 1146 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 706 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9II1 - 1146 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10JJ1 - 706 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11KK1 - 1146 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12LL1 - 706 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13MM1 - 1146 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14NN1 - 706 - 75
15X-RAY DIFFRACTION15OO1 - 1136 - 118
16X-RAY DIFFRACTION16PP1 - 706 - 75

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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