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- PDB-1zg1: NarL complexed to nirB promoter non-palindromic tail-to-tail DNA site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zg1
タイトルNarL complexed to nirB promoter non-palindromic tail-to-tail DNA site
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
  • Nitrate/nitrite response regulator protein narL
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / helix-turn-helix / two-component response regulator / dna bending / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / phosphorelay signal transduction system / nitrate assimilation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nitrate/nitrite response regulator protein NarL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maris, A.E. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Ma, Z. / Kopka, M.L. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Primary and Secondary Modes of DNA Recognition by the NarL Two-Component Response Regulator.
著者: Maris, A.E. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Ma, Z. / Kopka, M.L. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Dimerization allows DNA target site recognition by the NarL response regulator
著者: Maris, A.E. / Sawaya, M.R. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Jarvis, M.R. / Bearson, S.M.D. / Kopka, M.L. / Schroeder, I. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure of the Escherichia coli response regulator NarL
著者: Baikalov, I. / Schroeder, I. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Grzeskowiak, K. / Gunsalus, R.P. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
G: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
A: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
B: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
E: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
F: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,71217
ポリマ－63,8488
非ポリマー8659
水1,60389
1
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
A: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
B: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4049
ポリマ－31,9244
非ポリマー4805
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
E: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
F: Nitrate/nitrite response regulator protein narL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3088
ポリマ－31,9244
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.580, 52.820, 84.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer bound to DNA. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C & D and chains E, F, G & H)

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 6124.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase synthesis
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 6142.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase synthesis
#3: タンパク質
Nitrate/nitrite response regulator protein narL


分子量: 9827.909 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA binding domain (residues 147-216) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narL, frdR / プラスミド: pMJ05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0AF28
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium sulfate11
2H2O11
3Ammonium sulfate12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. all: 32539 / Num. obs: 32539 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured obs: 1942 / Num. unique all: 1942 / Rsym value: 0.469 / Χ2: 1.047 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JE8

1je8


解像度: 2.3→9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1490 5 %random
Rwork0.257 ---
all-29453 --
obs-29453 98.3 %-
溶媒の処理Bsol: 45.36 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 45.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.478 Å20 Å20.139 Å2
2--17.576 Å20 Å2
3----29.054 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 1628 45 89 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeightDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.96420
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.04420
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8842.50
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 231 -
Rwork0.369 --
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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