PDB-7o5t: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Bromide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o5t

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Bromide

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / apo / bromide

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o5t.cif.gz	752.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o5t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o5t_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o5t_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	7o5t_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	7o5t_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.568, 107.263, 124.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	AAA	A	22 - 265	17 - 260
2	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	BBB	B	22 - 265	17 - 260
3	2	2	LYS	LYS	ILE	ILE	AAA	A	23 - 264	18 - 259
4	2	2	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
5	3	3	GLY	GLY	ILE	ILE	AAA	A	22 - 264	17 - 259
6	3	3	GLY	GLY	ILE	ILE	DDD	D	22 - 264	17 - 259
7	4	4	LYS	LYS	ILE	ILE	BBB	B	23 - 264	18 - 259
8	4	4	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
9	5	5	GLY	GLY	ILE	ILE	BBB	B	22 - 264	17 - 259
10	5	5	GLY	GLY	ILE	ILE	DDD	D	22 - 264	17 - 259
11	6	6	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
12	6	6	LYS	LYS	ILE	ILE	DDD	D	23 - 264	18 - 259

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482LRD5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH, mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.918374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→81.3 Å / Num. obs: 101237 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.81→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4939 / CC_1/2: 0.777

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.81→81.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 14.426 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	5098	5.042 %
R_work	0.1866	96021	-
all	0.19	-	-
obs	-	101119	99.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.054 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.839 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.214 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→81.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7989	0	10	708	8707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.018	7722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.632	11185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.383	1.586	17729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.712	22.911	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.096	15	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.691	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	7327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.277	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.495	2.698	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.493	2.697	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.159	4.053	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.159	4.053	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.872	2.965	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.869	2.964	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.607	4.354	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.601	4.354	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.036	32.03	9856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.953	31.687	9685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.553	3	15984
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	8593
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.077	0.05	8426
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.075	0.05	8479
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.076	0.05	8500
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.073	0.05	8510
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.072	0.05	8484

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06311	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06311	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07718	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07718	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07637	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07637	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07349	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07349	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07168	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07168	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.857	0.407	372	0.377	6988	X-RAY DIFFRACTION	99.446
1.857-1.908	0.373	366	0.335	6828	X-RAY DIFFRACTION	99.5158
1.908-1.963	0.357	349	0.315	6663	X-RAY DIFFRACTION	99.5881
1.963-2.024	0.313	323	0.258	6504	X-RAY DIFFRACTION	99.6061
2.024-2.09	0.302	292	0.242	6285	X-RAY DIFFRACTION	99.7271
2.09-2.163	0.288	326	0.202	6094	X-RAY DIFFRACTION	99.7824
2.163-2.245	0.305	310	0.196	5860	X-RAY DIFFRACTION	99.822
2.245-2.337	0.263	312	0.177	5663	X-RAY DIFFRACTION	99.8997
2.337-2.44	0.296	282	0.181	5445	X-RAY DIFFRACTION	99.8953
2.44-2.559	0.264	290	0.161	5195	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
2.559-2.698	0.259	252	0.155	4977	X-RAY DIFFRACTION	99.9618
2.698-2.861	0.257	269	0.139	4676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.861-3.059	0.261	265	0.145	4418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.059-3.304	0.241	235	0.158	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.304-3.619	0.243	192	0.174	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.619-4.046	0.224	187	0.148	3466	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
4.046-4.671	0.212	166	0.149	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.671-5.718	0.19	128	0.143	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.718-8.079	0.209	128	0.153	2061	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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