PDB-7pfn: Acetyllysine73-incorporated OXA-48 complexed with imipenem in bot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pfn

タイトル

Acetyllysine73-incorporated OXA-48 complexed with imipenem in both active and inactive acyl-enzyme intermediates

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / Imipenem

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.4	2025年8月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pfn.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pfn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pfn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pfn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7pfn_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	7pfn_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/7pfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/7pfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pgoC 7pseC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.799, 104.995, 124.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 24 - 264 / Label seq-ID: 19 - 259

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30252.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482LRD5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ID1 / Imipenem 分子量: 301.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL 分子量: 74.122 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH, mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976292 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976292 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→62.37 Å / Num. obs: 55552 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3253 / CC_1/2: 0.588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.8→62.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.117 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	2745	4.947 %
R_work	0.1778	52742	-
all	0.18	-	-
obs	-	55487	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.471 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.782 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.252 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→62.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3975	0	70	365	4410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.642	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.395	1.585	9016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.301	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.529	22.459	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.434	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.264	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	3741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.122	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.022	2.426	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.018	2.425	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.87	3.628	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.87	3.629	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.069	2.801	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.063	2.8	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.728	4.06	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.717	4.057	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.75	28.722	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.693	28.465	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	8070

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10627	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10627	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.328	194	0.298	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.31	182	0.282	3782	X-RAY DIFFRACTION	99.9748
1.897-1.952	0.251	183	0.253	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.012	0.283	179	0.233	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.241	186	0.211	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.245	191	0.196	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.233	0.21	157	0.174	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.324	0.232	174	0.179	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.324-2.427	0.202	164	0.16	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.176	151	0.157	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.203	151	0.16	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.846	0.198	123	0.162	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-3.042	0.213	116	0.162	2437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.286	0.214	118	0.181	2273	X-RAY DIFFRACTION	99.9164
3.286-3.599	0.217	119	0.175	2094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.599-4.023	0.172	109	0.148	1913	X-RAY DIFFRACTION	100
4.023-4.645	0.185	87	0.138	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.645-5.687	0.166	63	0.149	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
5.687-8.034	0.232	62	0.168	1147	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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