PDB-7pep: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pep

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydrolyzed Imipenem

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / Imipenem

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pep.cif.gz	420.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pep.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrjC 7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.946, 107.930, 124.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	AAA	A	22 - 265	17 - 260
2	1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	BBB	B	22 - 265	17 - 260
3	2	2	LYS	LYS	ILE	ILE	AAA	A	23 - 264	18 - 259
4	2	2	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
5	3	3	GLY	GLY	ILE	ILE	AAA	A	22 - 264	17 - 259
6	3	3	GLY	GLY	ILE	ILE	DDD	D	22 - 264	17 - 259
7	4	4	LYS	LYS	ILE	ILE	BBB	B	23 - 264	18 - 259
8	4	4	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
9	5	5	GLY	GLY	ILE	ILE	BBB	B	22 - 264	17 - 259
10	5	5	GLY	GLY	ILE	ILE	DDD	D	22 - 264	17 - 259
11	6	6	LYS	LYS	ILE	ILE	CCC	C	23 - 264	18 - 259
12	6	6	LYS	LYS	ILE	ILE	DDD	D	23 - 264	18 - 259

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-HIW / (2R,4S)-2-[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxypropyl]-4-[(2-{[(Z)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-ca rboxylic acid / Hydrolyzed Imipenem 分子量: 317.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES pH 7.5 no Cl-, 11.6% PEG8000, 8% 1-BuOH mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.918381 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918381 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→69.685 Å / Num. obs: 124585 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6116 / CC_1/2: 0.706

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.7→69.685 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.199 / WR_factor R_work: 0.168 / SU B: 3.924 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.7896 / Average fsc work: 0.801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	6286	5.049 %
R_work	0.1986	118202	-
all	0.2	-	-
obs	-	124488	99.937 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.851 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.209 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.405 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.804 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→69.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7989	0	100	878	8967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.657	11441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.369	1.607	18156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.018	5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.64	22.686	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.152	15	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.909	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	7370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	2.278	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.75	2.277	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.547	3.406	4921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.547	3.406	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.477	2.598	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.477	2.599	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.831	3.785	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.831	3.785	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.251	27.211	10003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.115	26.741	9765
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	8634
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.063	0.05	8516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.068	0.05	8528
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	8486
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.068	0.05	8494
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.06	0.05	8571

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05942	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05942	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06272	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06272	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06761	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06761	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06493	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06493	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06795	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06795	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06044	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06044	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.399	477	0.402	8639	X-RAY DIFFRACTION	99.7483
1.744-1.792	0.361	453	0.367	8376	X-RAY DIFFRACTION	99.7853
1.792-1.844	0.32	437	0.34	8205	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
1.844-1.901	0.323	432	0.302	7994	X-RAY DIFFRACTION	99.8933
1.901-1.963	0.292	398	0.278	7731	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
1.963-2.032	0.251	406	0.227	7494	X-RAY DIFFRACTION	99.9747
2.032-2.108	0.264	380	0.219	7224	X-RAY DIFFRACTION	99.9869
2.108-2.195	0.221	383	0.186	6972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.292	0.235	386	0.185	6659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.404	0.209	339	0.171	6439	X-RAY DIFFRACTION	99.9852
2.404-2.534	0.194	342	0.158	6086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.688	0.221	300	0.157	5770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.688-2.873	0.201	293	0.158	5436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-3.103	0.204	244	0.172	5131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.399	0.214	236	0.176	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.399-3.8	0.216	217	0.173	4283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.387	0.167	204	0.152	3776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.387-5.371	0.174	158	0.141	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
5.371-7.589	0.176	131	0.152	2552	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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