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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o33 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the anti-PAS Fab 3.1 in complex with its epitope peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / disordered protein antigen / PAS polypeptide / protein engineering | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Schilz, J. / Skerra, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021 タイトル: Molecular recognition of structurally disordered Pro/Ala-rich sequences (PAS) by antibodies involves an Ala residue at the hot spot of the epitope. 著者: Schilz, J. / Binder, U. / Friedrich, L. / Gebauer, M. / Lutz, C. / Schlapschy, M. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o33.cif.gz | 103.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o33.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o33.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o33_validation.pdf.gz | 317.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o33_full_validation.pdf.gz | 319.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o33_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o33_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o33 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23972.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23660.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1108.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: PCA in the peptide sequence is the residue code for pyroglutamic acid 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 200mM LiNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→45.61 Å / Num. obs: 36237 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.019 % / Biso Wilson estimate: 36.495 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 9.21 / Num. measured all: 109397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7O31 解像度: 1.85→45.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.042 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.1673 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.06 Å2 / Biso mean: 42.057 Å2 / Biso min: 21.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→45.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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