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- PDB-7o07: 14-3-3sigma covalently bound to peptide (chloroacetamide-Cys inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o07
タイトル14-3-3sigma covalently bound to peptide (chloroacetamide-Cys interaction)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Transcriptional coactivator YAP1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / covalent peptide binding / protein/peptide interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Somsen, B.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)711.017.014 オランダ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Covalent flexible peptide docking in Rosetta.
著者: Tivon, B. / Gabizon, R. / Somsen, B.A. / Cossar, P.J. / Ottmann, C. / London, N.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年3月1日Group: Advisory / Non-polymer description ...Advisory / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9656
ポリマ－27,8682
非ポリマー974
水5,693316
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,93012
ポリマ－55,7354
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6317 Å2
ΔGint-62.3 kcal/mol
Surface area22863 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.592, 112.585, 63.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Initial 5 amino acids: GAMGS form the expression tag. The rest is the natural sequence.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional coactivator YAP1


分子量: 1324.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: FCA in this case stand for phenylalanine chloroacetamide. This is a non-natural amino acid similar to a phenylalanine with a parasubsituted chloroacetamide for covalent binding to the 14-3-3 ...詳細: FCA in this case stand for phenylalanine chloroacetamide. This is a non-natural amino acid similar to a phenylalanine with a parasubsituted chloroacetamide for covalent binding to the 14-3-3 protein (Cys38). Furthermore this peptide contains a C-terminal amide and a N-terminal acetyl group.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.3), 0.19 M CaCl2, 26% (v/v) PEG 400 and 5% (v/v) glycerol 12 mg/mL 14-3-3sdc; 1:1.2 molar equivalents 14-3-3:peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→66.6 Å / Num. obs: 92037 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4524 / CC1/2: 0.785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N75

5n75


解像度: 1.2→45.8802 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 8958 5.03 %
Rwork0.1836 169119 -
obs0.1842 91999 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.1 Å2 / Biso mean: 16.7039 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→45.8802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 5 316 2225
Biso mean--16.97 27.33 -
残基数----244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.2-1.21360.31942880.3385671
1.2136-1.22790.33493070.31165619
1.2279-1.24290.31663000.30935630
1.2429-1.25860.30673270.30015577
1.2586-1.27520.30452800.28375657
1.2752-1.29270.29322640.27735719
1.2927-1.31110.30843080.26585635
1.3111-1.33070.25282860.2555606
1.3307-1.35150.26343070.25765604
1.3515-1.37370.26243020.24655647
1.3737-1.39730.24592930.2365619
1.3973-1.42280.20973450.19145622
1.4228-1.45010.19062710.18425673
1.4501-1.47970.21053480.17695576
1.4797-1.51190.1863080.1745606
1.5119-1.54710.19083060.16935681
1.5471-1.58580.18662790.16365637
1.5858-1.62860.18813220.16795608
1.6286-1.67660.18172620.16575667
1.6766-1.73070.20072860.16355605
1.7307-1.79250.18962890.17225705
1.7925-1.86430.19873100.16885604
1.8643-1.94920.1923130.16955633
1.9492-2.05190.18862830.16745674
2.0519-2.18050.17712570.16285698
2.1805-2.34880.17473010.16045633
2.3488-2.58520.18233070.17075616
2.5852-2.95920.16113150.18235626
2.9592-3.7280.1842760.17265649
3.728-45.88010.17413180.16685622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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