PDB-7nzq: D-lyxose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermofilu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzq

タイトル

D-lyxose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermofilum sp complexed with D-mannose

要素

D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

キーワード

ISOMERASE / Complex / thermostability / biocatalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

D-lyxose ketol-isomerase / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Schoenheit, P.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterisation of a Novel D-Lyxose Isomerase From the Hyperthermophilic Archaeon Thermofilum sp.
著者: De Rose, S.A. / Kuprat, T. / Isupov, M.N. / Reinhardt, A. / Schonheit, P. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzq.cif.gz	65.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nzq_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nzq_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7nzq_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7nzq_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nzoC 7nzpC 2y0oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3reg-d 2fia-d 7nzp-d 7jqj-d 6t4e-d 7jr1-3 7nzo-d 4tqc-d 4hx0-2 1e3o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

ヘテロ分子

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

ヘテロ分子

AAA: D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.909, 121.013, 70.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-433- HOH
2	1	AAA-472- HOH
3	1	AAA-492- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質

D-lyxose/D-mannose family sugar isomerase

分子量: 23898.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermofilum sp. ex4484_79 (古細菌)
遺伝子: B6U94_07925 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A256XLS3

#2: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 100 mM SPG ph 6.0, 25% w/v PEG 1500, 40 mM D-mannose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→37.692 Å / Num. obs: 29074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / Num. unique obs: 1425 / CC_1/2: 0.277

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y0o

2y0o

解像度: 1.57→37.692 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.575 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	1439	4.956 %
R_work	0.1755	27597	-
all	0.178	-	-
obs	-	29036	99.852 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.025 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.497 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.034 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.463 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→37.692 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1464	0	33	224	1721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.668	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.74	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.469	21.584	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.136	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.376	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.882	2.122	758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.648	3.17	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.003	2.469	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.155	3.552	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.582	41.614	7219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.611	0.333	125	0.338	1970	X-RAY DIFFRACTION	99.5722
1.611-1.655	0.336	94	0.323	1976	X-RAY DIFFRACTION	99.711
1.655-1.703	0.345	91	0.3	1919	X-RAY DIFFRACTION	99.851
1.703-1.755	0.305	91	0.275	1850	X-RAY DIFFRACTION	99.9485
1.755-1.813	0.29	85	0.25	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.8952
1.813-1.876	0.269	116	0.222	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.876-1.947	0.284	76	0.21	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.8316
1.947-2.026	0.224	88	0.189	1626	X-RAY DIFFRACTION	99.7091
2.026-2.116	0.199	90	0.177	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.9387
2.116-2.22	0.217	83	0.166	1480	X-RAY DIFFRACTION	99.7447
2.22-2.339	0.19	64	0.164	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.339-2.481	0.194	67	0.151	1344	X-RAY DIFFRACTION	99.8585
2.481-2.652	0.217	62	0.159	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.9259
2.652-2.864	0.191	61	0.157	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-3.137	0.216	56	0.148	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.506	0.178	37	0.145	1015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.506-4.046	0.163	53	0.134	891	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
4.046-4.95	0.207	35	0.117	770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-6.977	0.157	42	0.167	594	X-RAY DIFFRACTION	100
6.977-37.692	0.283	23	0.219	360	X-RAY DIFFRACTION	99.2228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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