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- PDB-7jr1: Crystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides Kal... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jr1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the R64F mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Bovine Trypsin | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Human Kallikrein 4 / Bauhinia Bauhiniordes Kallikrein Inhibitor / Bovine Trypsin / R64F mutant / BbKI / STRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies of complexes of kallikrein 4 with wild-type and mutated forms of the Kunitz-type inhibitor BbKI. Authors: Li, M. / Srp, J. / Mares, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 738.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 572 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 85.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 119.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7jqkC ![]() 7jqnC ![]() 7jqoC ![]() 7jqvC ![]() 7jr2C ![]() 7jrxC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23324.287 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 17886.295 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: R64F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 / Details: 1.6M Ammonium Sulfate, pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2020 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.05→89.66 Å / Num. obs: 163669 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.5 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 18.1 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 8079 / Rsym value: 1.094 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.2 Å2 / Biso mean: 45.9 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→89.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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