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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hx0
タイトルCrystal structure of a putative nucleotidyltransferase (TM1012) from Thermotoga maritima at 1.87 A resolution
要素Putative nucleotidyltransferase TM1012
キーワードTRANSFERASE / putative nucleotidyltransferase
機能・相同性Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 1,4-BUTANEDIOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Gorbacheva, M.A. / Korzhenevskiy, D.A. / Lipkin, A.V. / Popov, V.O. / Kovalchuk, M.V. / Shumilin, I.A. / Minor, W. / Shabalin, I.G. / Golubev, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative nucleotidyltransferase with two MPD molecules in the active site.
著者: Boyko, K.M. / Gorbacheva, M.A. / Korzhenevskiy, D.A. / Lipkin, A.V. / Popov, V.O. / Kovalchuk, M.V. / Shumilin, I.A. / Minor, W. / Shabalin, I.G. / Golubev, A.M.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleotidyltransferase TM1012
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,08921
ポリマ－19,3471
非ポリマー1,74120
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative nucleotidyltransferase TM1012
ヘテロ分子

A: Putative nucleotidyltransferase TM1012
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,17742
ポリマ－38,6942
非ポリマー3,48340
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.196, 52.722, 53.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleotidyltransferase TM1012


分子量: 19347.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0A5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization by hanging drop with MPD as a precipitant, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→11.86 Å / Num. all: 14084 / Num. obs: 13662 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.029
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 1387 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345v.0.16.3bデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FCL

2fcl


解像度: 1.87→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.609 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24459 682 5 %RANDOM
Rwork0.17237 ---
all0.1758 14084 --
obs0.1758 12979 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0.94 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 0 115 116 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4572.0062288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3765216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24823.44490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7715332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9641517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 48 -
Rwork0.212 878 -
obs--94.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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