PDB-7nzd: Fourth SH3 domain of POSH (Plenty of SH3 Domains protein)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzd

タイトル

Fourth SH3 domain of POSH (Plenty of SH3 Domains protein)

要素

E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / MAP-kinase scaffold activity ubiquitin protein ligase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / MAP-kinase scaffold activity / RHOV GTPase cycle / response to aldosterone / protein autoubiquitination / : / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / neuron migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Palencia, A. / Bessa, L.M. / Jensen, M.R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2021年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzd.cif.gz	45.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nzd_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nzd_full_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示
XML形式データ	7nzd_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	7nzd_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nykC 7nylC 7nymC 7nynC 7nyoC 7nzbC 7nzcC 2lj1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2m9n-d 1ql3-3 6m05-d 6ipz-d 1g2y-1 3cjk-2 5j6x-1 4w4m-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1

ヘテロ分子

7.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A is a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.520, 45.520, 65.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-902- PEG
2	1	AAA-1087- HOH
3	1	AAA-1088- HOH

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1 / Plenty of SH3s / Protein POSH / RING finger protein 142 / RING-type E3 ubiquitin transferase SH3RF1 ...Plenty of SH3s / Protein POSH / RING finger protein 142 / RING-type E3 ubiquitin transferase SH3RF1 / SH3 domain-containing RING finger protein 1 / SH3 multiple domains protein 2 分子量: 7240.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GRR belongs to expression vector pESPRIT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3RF1, KIAA1494, POSH, POSH1, RNF142, SH3MD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6J0, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: 3D large crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 23% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月17日
放射	モノクロメーター: MIRROS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→65.74 Å / Num. obs: 14475 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 703 / CC_1/2: 0.52 / % possible all: 99.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model build with the template 2LJ1

2lj1

解像度: 1.45→65.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.052 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	716	4.957 %
R_work	0.1601	13727	-
all	0.164	-	-
obs	-	14443	99.841 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.451 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.274 Å²	0.637 Å²	0 Å²
2-	-	1.274 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.132 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→65.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	511	0	11	91	613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	555
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.656	747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.305	1.586	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.278	19.714	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.301	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.083	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.461	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.584	3.369	259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.342	3.346	258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.05	5.043	324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.048	5.056	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.426	3.994	295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.419	3.998	296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.603	5.767	418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.595	5.77	419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.782	42.086	616
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.778	42.136	617
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.449	3	1094

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.645	49	0.488	994	0.495	1052	0.774	0.817	99.1445	0.477
1.488-1.528	0.36	39	0.416	979	0.413	1021	0.928	0.894	99.7062	0.396
1.528-1.573	0.406	52	0.307	935	0.312	988	0.924	0.943	99.8988	0.279
1.573-1.621	0.265	55	0.26	919	0.26	975	0.924	0.956	99.8974	0.23
1.621-1.674	0.234	62	0.212	886	0.213	949	0.952	0.967	99.8946	0.179
1.674-1.733	0.246	35	0.19	850	0.192	887	0.939	0.961	99.7745	0.156
1.733-1.798	0.222	34	0.176	851	0.178	885	0.955	0.961	100	0.148
1.798-1.872	0.19	36	0.149	817	0.151	854	0.963	0.966	99.8829	0.127
1.872-1.955	0.253	41	0.133	766	0.138	807	0.946	0.973	100	0.123
1.955-2.05	0.199	38	0.146	767	0.149	805	0.958	0.97	100	0.139
2.05-2.161	0.227	38	0.169	703	0.173	741	0.958	0.964	100	0.169
2.161-2.292	0.197	46	0.155	656	0.158	702	0.957	0.967	100	0.161
2.292-2.45	0.182	28	0.137	643	0.139	673	0.96	0.973	99.7028	0.146
2.45-2.646	0.228	33	0.126	589	0.131	623	0.963	0.976	99.8395	0.141
2.646-2.898	0.194	29	0.136	537	0.139	566	0.956	0.972	100	0.159
2.898-3.239	0.168	27	0.154	506	0.155	533	0.97	0.963	100	0.182
3.239-3.739	0.284	20	0.166	451	0.171	473	0.916	0.96	99.5772	0.2
3.739-4.575	0.215	21	0.138	389	0.141	410	0.963	0.976	100	0.184
4.575-6.455	0.196	17	0.161	306	0.163	323	0.966	0.975	100	0.237
6.455-65.74	0.322	16	0.2	183	0.208	199	0.926	0.961	100	0.254

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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