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- PDB-7nyn: Mutant Y526A of SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nyn
タイトルMutant Y526A of SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
要素SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain of JNK-interacting protein 1 (JIP1)
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / kinesin binding / vesicle-mediated transport ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / kinesin binding / vesicle-mediated transport / JNK cascade / positive regulation of JNK cascade / mitochondrial membrane / neuronal cell body / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.537 Å
データ登録者Perez, L.M. / Ielasi, F.S. / Palencia, A. / Jensen, M.R.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)RC18114CC フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)MAPKAssembly フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
EEE: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
FFF: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
GGG: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
HHH: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
III: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
JJJ: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
KKK: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
LLL: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,59743
ポリマ－89,21112
非ポリマー4,38531
水12,611700
1
AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9358
ポリマ－14,8692
非ポリマー1,0666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7780 Å2
手法PISA
2
CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,05010
ポリマ－14,8692
非ポリマー1,1818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7340 Å2
手法PISA
3
EEE: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
FFF: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2655
ポリマ－14,8692
非ポリマー3963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
4
GGG: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
HHH: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,99410
ポリマ－14,8692
非ポリマー1,1258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
5
III: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
JJJ: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2655
ポリマ－14,8692
非ポリマー3963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
6
KKK: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
LLL: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0895
ポリマ－14,8692
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.639, 62.485, 87.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-736-

HOH

21AAA-753-

HOH

31BBB-748-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJKKKLLL

#1: タンパク質
SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1


分子量: 7434.271 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHM belongs to expression vector pET28a / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2

-
非ポリマー , 7種, 731分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: 3D well defined needless
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1-5 % PEG 400, 2-2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.537→49.35 Å / Num. obs: 329963 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.54→1.63 Å / Num. unique obs: 52785 / CC1/2: 0.31 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.007精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NYK

7nyk


解像度: 1.537→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.872 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1796 1798 1.051 %
Rwork0.1378 169316 -
all0.138 --
obs-171114 99.932 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 37.594 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.416 Å20 Å20 Å2
2--3.466 Å2-0 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.537→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6057 0 280 700 7037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0136526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.6588798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4151.57213505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.955729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.58221.727440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72915960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7751560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.20.26081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22938
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.23404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2460.231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1510.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3183.3872928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.2683.3862927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8945.0493647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8965.0513648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.234.1713598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.2294.1713599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.6725.9755148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.6715.9755149
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.47540.9677033
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.47440.9727034
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.518312405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.537-1.5770.3791310.411122970.411125270.5810.66399.20970.403
1.577-1.620.3641280.361120700.361121980.6950.7211000.351
1.62-1.6670.3121250.301117720.301118970.7990.8151000.29
1.667-1.7190.281210.236113870.237115090.8660.87499.99130.216
1.719-1.7750.2241180.192110970.193112160.840.90599.99110.169
1.775-1.8370.2081140.152107340.152108480.9380.9481000.127
1.837-1.9060.2031100.126103740.127104840.9410.9651000.103
1.906-1.9840.1591060.10999930.11100990.970.9731000.089
1.984-2.0720.1741020.11195810.11296830.9670.9731000.095
2.072-2.1730.14970.10291670.10392640.9710.981000.09
2.173-2.290.159930.09687370.09688300.9690.9811000.085
2.29-2.4290.15870.09582860.09683730.9740.981000.086
2.429-2.5960.158830.09978020.09978850.9670.9791000.092
2.596-2.8040.137780.10372850.10473630.9750.9791000.101
2.804-3.070.19710.12967240.1367950.9620.9721000.134
3.07-3.4310.202650.15161150.15161810.960.9799.98380.161
3.431-3.9590.172580.13354450.13455040.9720.97899.98180.152
3.959-4.840.15490.10746370.10746860.9780.9861000.133
4.84-6.8130.172380.15736440.15736820.9720.9721000.189
6.813-49.350.205240.21921690.21921970.9540.95499.81790.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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