PDB-2ywy: Structure of new antigen receptor variable domain from sharks

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ywy

タイトル

Structure of new antigen receptor variable domain from sharks

要素

new antigen receptor variable domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG VNAR / 1-A-7

機能・相同性

機能・相同性情報

T cell receptor complex / peptide antigen binding / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能

生物種

Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Streltsov, V.A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Shark IgNAR antibody mimotopes target a murine immunoglobulin through extended CDR3 loop structures
著者: Simmons, D.P. / Streltsov, V.A. / Dolezal, O. / Hudson, P.J. / Coley, A.M. / Foley, M. / Proll, D.F. / Nuttall, S.D.

履歴

登録	2007年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE The sequence has been deposited to databasthe GB with accession code, DQ269922.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ywy.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ywy.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ywy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ywzC 1vesS 1ver 2coq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ywz-d 2ooc-1 4rah-d 4iqh-3 3jzy-d 5ln4-3 6kjk-d 2z0u-1 5gu5-d 2qho-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: new antigen receptor variable domain

B: new antigen receptor variable domain

C: new antigen receptor variable domain

D: new antigen receptor variable domain

49.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: new antigen receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: new antigen receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: new antigen receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: new antigen receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.498, 88.661, 101.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	new antigen receptor variable domain 分子量: 12395.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Orectolobus maculatus (クモハダオオセ) プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: A9CBG4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M ACETATE, 20% PEP (17/8 PO/OH), pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月5日 / 詳細: AXCO MICROCAPILLARY FOCUSING OPTICS
放射	モノクロメーター: NO / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→21.57 Å / Num. obs: 19373 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.0119 / R_sym value: 0.0119 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / R_sym value: 0.6 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VES

1ves

解像度: 2.71→21.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 21.432 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1969	10.2 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.189	17386	94.8 %	-
all	-	17386	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→21.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3316	0	0	356	3672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.953	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.983	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.866	23.611	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.273	15	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.413	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.244	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.644	1.5	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.185	2	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.837	3	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.085	4.5	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	110	-
R_work	0.272	1048	-
obs	-	-	78.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3342	-2.5042	-0.1577	7.5816	-2.9074	3.4203	-0.1711	-0.0682	-0.3333	0.4993	0.1644	0.0532	0.4185	-0.0585	0.0067	0.125	-0.0194	0.0521	-0.4287	-0.0228	-0.346	42.642	2.711	11.285
2	2.7454	3.5073	-0.7413	9.0661	-1.7301	4.1955	0.0718	-0.1741	-0.0482	0.4441	0.1187	-0.1324	0.1746	-0.1788	-0.1906	-0.0859	0.0308	0.0296	-0.4207	-0.0445	-0.2888	57.288	23.271	9.555
3	2.9864	2.1246	-0.2758	9.9953	3.2864	7.5785	-0.165	0.0221	0.2134	0.3336	0.3434	-0.3049	-0.1477	0.2998	-0.1784	-0.064	0.0309	-0.0168	-0.3957	0.0362	-0.2738	25.806	22.821	23.052
4	2.9245	2.051	-0.0856	11.8456	-3.1476	4.9578	-0.2343	0.1573	0.0107	0.3198	0.2862	-0.2265	-0.2099	-0.0112	-0.0519	0.0244	0.0621	0.0373	-0.4009	0.0323	-0.36	19.728	2.521	36.875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 111	1 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 111	1 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 111	1 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 111	1 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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