PDB-4c9y: Structural Basis for the microtubule binding of the human kinetoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c9y

タイトル

Structural Basis for the microtubule binding of the human kinetochore Ska complex

要素

SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

キーワード

CELL CYCLE / CELL DIVISON / KINETOCHORE-MICROTUBULE ATTACHMENT / WINGED-HELIX DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of mitotic spindle assembly checkpoint signaling / SKA complex / establishment of meiotic spindle orientation / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle microtubule / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic sister chromatid segregation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Abad, M. / Medina, B. / Santamaria, A. / Zou, J. / Plasberg-Hill, C. / Madhumalar, A. / Jayachandran, U. / Redli, P.M. / Rappsilber, J. / Nigg, E.A. / Jeyaprakash, A.A.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Microtubule Recognition by the Human Kinetochore Ska Complex.
著者: Abad, M.A. / Medina, B. / Santamaria, A. / Zou, J. / Plasberg-Hill, C. / Madhumalar, A. / Jayachandran, U. / Redli, P.M. / Rappsilber, J. / Nigg, E.A. / Jeyaprakash, A.A.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c9y.cif.gz	119.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c9y.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ca0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fso-d 3uiy-d 2kjw-d 5h4b-d 3uiz-4 3uiz-3 4pug-1 5f1l-1 5v6h-2 6j08-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

B: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.006, 161.578, 104.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2066- HOH
2	1	B-2004- HOH

#1: タンパク質	SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / SKA1 分子量: 14653.601 Da / 分子数: 2 / 断片: MT-BINDING DOMAIN, RESDUES 133-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC-CDF-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q96BD8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	SELENOMETHIONINE LABELED

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1M IMIDAZOLE-MES BUFFER, 0.09 M NPS MIX AND 30% EDO_P8K, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.28
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→63.9 Å / Num. obs: 22542 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.01→43.868 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	2347	10.44 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1994	22475	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2026	0	0	135	2161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	2767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.482	797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.051	0.2938	135	0.2335	1161	X-RAY DIFFRACTION	99
2.051-2.0956	0.2876	159	0.2377	1118	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0956-2.1444	0.2971	128	0.2292	1168	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1444-2.198	0.2748	132	0.2178	1169	X-RAY DIFFRACTION	99
2.198-2.2574	0.2794	123	0.2007	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2574-2.3239	0.2519	146	0.189	1149	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3239-2.3989	0.2367	133	0.2093	1164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3989-2.4846	0.2742	130	0.1963	1186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4846-2.5841	0.284	138	0.1957	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5841-2.7016	0.2719	142	0.2002	1158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7016-2.8441	0.2506	136	0.2009	1197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8441-3.0222	0.2923	150	0.2093	1176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0222-3.2555	0.2345	118	0.1989	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2555-3.583	0.2322	144	0.1932	1185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.583-4.1011	0.2165	129	0.1734	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1011-5.1656	0.21	147	0.1672	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1656-43.8789	0.2511	157	0.2035	1285	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.689	1.9465	-1.889	3.9645	-5.3093	7.2658	-0.2665	0.1101	0.2048	-0.1182	-0.2544	-0.3433	-0.4758	-0.2233	0.4093	0.7212	0.1309	0.106	0.4325	0.0639	0.4815	9.6053	11.2337	21.4242
2	5.7406	-5.2137	-2.0154	5.7699	3.5767	5.5349	0.1756	0.4191	-0.8666	-0.2842	-0.8453	0.8061	0.7277	-0.2029	0.5876	0.8653	0.0351	0.1366	0.4537	-0.0188	0.8022	2.5633	-5.0647	18.4452
3	0.9548	0.3544	0.6114	1.649	-0.7789	2.0389	-0.6439	-0.1479	-0.5367	-0.5299	0.3449	-0.7074	0.8267	0.4803	0.2122	0.4827	0.1184	0.2717	0.2624	0.0793	0.4733	10.8032	12.232	13.829
4	1.442	1.9098	0.6549	7.7345	0.9761	0.4426	0.1627	-0.3865	0.6118	1.2817	0.1179	0.7479	-0.4866	-0.4351	-0.2246	0.6553	0.0032	0.0584	0.4001	-0.0503	0.3837	13.7983	33.6648	10.9149
5	5.6977	4.2197	-5.5494	6.823	-4.6666	5.6789	0.2857	0.7933	0.9434	-0.0847	0.4065	0.5078	-0.4558	-0.5395	-0.6682	0.435	0.0177	0.0519	0.2707	0.0261	0.2778	5.8122	29.4415	6.1051
6	4.7879	-1.916	1.964	8.4516	0.4731	4.6036	-0.0495	0.1782	0.4329	0.0051	0.2901	0.5976	-0.3261	-0.9962	-0.3391	0.5164	0.0466	0.1435	0.3555	0.0932	0.4352	1.5537	20.8606	12.5864
7	7.7184	5.2239	-5.6628	7.2591	-4.8607	5.2034	-0.2853	1.861	0.186	-1.2897	0.45	0.6072	-0.0647	-2.3115	0.0416	0.8185	0.0269	0.1553	0.6462	-0.0728	0.5569	1.7351	5.0411	9.6394
8	2.1377	0.4975	0.2277	6.9757	-4.2703	9.6766	0.1329	1.0906	-0.0223	-0.2899	0.6244	1.3388	0.6764	-1.0789	-0.3112	0.2321	0.0012	0.2199	0.5675	0.1717	0.6657	-2.7087	11.102	18.2824
9	8.795	0.2087	0.622	4.8897	-4.759	5.0703	-0.0362	0.7714	-0.6359	-0.3816	0.7653	1.2356	0.7178	-1.4934	-0.4907	0.3945	0.0117	0.1152	0.4938	0.0312	0.4795	-3.0868	17.2549	12.895
10	4.8549	2.4025	-0.2136	4.3167	5.0589	8.5621	0.0164	0.0391	0.4832	0.1505	0.0242	0.1431	-0.4558	0.3176	0.0073	0.512	-0.0713	-0.0039	0.4417	0.0512	0.3874	11.9138	23.4458	-18.7315
11	9.9483	-2.9932	-3.4416	4.936	-0.4056	4.1399	0.301	-0.4195	-1.8372	-0.0174	-0.1943	-1.7596	1.3941	0.6445	0.0558	0.7218	-0.0052	-0.0378	0.4162	0.0667	1.2068	20.3858	8.0957	-17.6142
12	2.6373	-1.5774	-0.1879	1.8148	2.2825	4.6113	0.0603	-0.0732	-0.2642	0.7306	-0.0787	0.8118	0.4951	-0.284	-0.0015	0.2574	-0.0832	0.0726	0.2424	0.0032	0.2864	12.8595	24.6538	-10.9865
13	9.1399	1.0909	3.3651	8.226	-7.2949	8.5533	0.5621	-0.204	0.5568	0.8241	0.2782	2.701	-0.9218	-0.1674	-0.7427	0.715	0.1101	0.2119	0.4308	0.0614	0.8137	10.2575	45.7115	-7.3413
14	3.2771	0.78	-0.8796	3.3881	0.5059	3.0292	0.5141	-0.0529	0.6976	0.5682	0.1039	-0.224	-0.8113	0.0945	-0.7346	0.5118	-0.0806	0.1307	0.28	-0.0052	0.3933	19.2563	42.0051	-5.3749
15	5.3684	2.7956	-0.1178	8.5755	-4.7436	5.8434	0.0365	0.7633	0.466	-1.3355	0.5227	-0.3746	-1.0402	1.2753	-0.11	0.6261	-0.1843	0.1647	0.4238	-0.0108	0.3042	22.5635	36.0339	-18.046
16	7.7855	0.1992	-3.5663	2.5668	1.7805	3.1665	-0.0346	-0.2866	0.0474	0.9915	0.3748	-0.4706	0.1219	0.9392	-0.3409	0.4226	0.0269	-0.0324	0.3777	-0.0214	0.3265	19.46	25.9699	-3.1083
17	3.4968	-0.6105	2.8484	5.7636	-0.5612	2.4717	0.0449	-0.6974	-0.1685	0.3642	-0.641	-1.3014	0.4447	1.4732	0.1356	0.5106	0.0134	0.0067	0.4797	0.0401	0.4943	24.3951	16.9557	-12.6545
18	3.3754	1.4539	4.1516	2.6641	2.0194	5.3934	0.7306	0.417	0.2612	-0.2034	0.1631	-0.912	0.8566	0.9753	-0.6426	0.3354	-0.0031	0.1091	0.3518	-0.0923	0.5017	22.899	22.9513	-20.2913
19	7.8291	2.2742	-0.9003	6.9212	-2.3416	6.214	-0.2166	0.4936	-0.5144	-0.0777	0.6487	-0.9491	-0.5823	1.8569	-0.1462	0.2431	-0.1329	0.1098	0.4863	-0.1467	0.4393	26.9376	30.0281	-14.74

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 11 THROUGH 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 27 THROUGH 48 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 49 THROUGH 56 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 57 THROUGH 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 70 THROUGH 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 89 THROUGH 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 115 THROUGH 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 10 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESID 11 THROUGH 26 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESID 27 THROUGH 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESID 49 THROUGH 56 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN A AND (RESID 57 THROUGH 69 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 81 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN A AND (RESID 82 THROUGH 94 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN A AND (RESID 95 THROUGH 106 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN A AND (RESID 107 THROUGH 113 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN A AND (RESID 114 THROUGH 124 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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