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万見
- PDB-2kjw: Solution structure and backbone dynamics of the permutant P54-55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kjw
タイトルSolution structure and backbone dynamics of the permutant P54-55
要素30S ribosomal protein S6
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / S6 permutant / solution structure / backbone dynamics / folding / Ribonucleoprotein / RNA-binding / rRNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ohman, A. / Oliveberg, M. / Oman, T.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Solution structures and backbone dynamics of the ribosomal protein S6 and its permutant P(54-55)
著者: Ohman, A. / Oman, T. / Oliveberg, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The HD-exchange motions of ribosomal protein S6 are insensitive to reversal of the protein-folding pathway
著者: Haglund, E. / Lind, J. / Oman, T. / Ohman, A. / Maler, L. / Oliveberg, M.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2591
ポリマ－11,2591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11258.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Permutant of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: rpsF, rps6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure and backbone dynamics of the permutant S6p3
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1333D CBCA(CO)NH
1433D C(CO)NH
1533D HNCO
1633D HNCA
1733D HN(CA)CB
1833D HN(CO)CA
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D 1H-13C NOESY
11112D 1H-15N HSQC
11213D 1H-15N TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11413D HNHA
11522D DQF-COSY
11622D 1H-1H TOCSY
11722D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.2 mM [U-15N] entity-1, 20 mM MES-2, 50 mM sodium chloride-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8-1.2 mM entity-4, 50 mM sodium chloride-5, 100% D2O100% D2O
30.8-1.2 mM [U-13C; U-15N] entity-6, 20 mM MES-7, 50 mM sodium chloride-8, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-15N]0.8-1.21
20 mMMES-21
50 mMsodium chloride-31
mMentity-40.8-1.22
50 mMsodium chloride-52
mMentity-6[U-13C; U-15N]0.8-1.23
20 mMMES-73
50 mMsodium chloride-83
試料状態pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ANSIGKraulischemical shift assignment
ANSIGKraulisデータ解析
ANSIGKraulispeak picking
X-PLORBrunger構造決定
X-PLORBrungergeometry optimization
X-PLORBrunger精密化
AQUARullmann, Doreleijers and Kapteinデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
MULDERP. Padrta & V. Sklenarデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: sa.inp and refine.inp used with slight modifications.
NMR constraintsNOE constraints total: 770 / NOE intraresidue total count: 213 / NOE long range total count: 116 / NOE medium range total count: 138 / NOE sequential total count: 303 / Protein phi angle constraints total count: 88 / Protein psi angle constraints total count: 65
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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