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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kjw | ||||||
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タイトル | Solution structure and backbone dynamics of the permutant P54-55 | ||||||
![]() | 30S ribosomal protein S6 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / S6 permutant / solution structure / backbone dynamics / folding / Ribonucleoprotein / RNA-binding / rRNA-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
![]() | Ohman, A. / Oliveberg, M. / Oman, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structures and backbone dynamics of the ribosomal protein S6 and its permutant P(54-55) 著者: Ohman, A. / Oman, T. / Oliveberg, M. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: The HD-exchange motions of ribosomal protein S6 are insensitive to reversal of the protein-folding pathway 著者: Haglund, E. / Lind, J. / Oman, T. / Ohman, A. / Maler, L. / Oliveberg, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 620.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 519.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 345.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 562.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2kjvC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11258.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Permutant of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpsF, rps6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution structure and backbone dynamics of the permutant S6p3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: sa.inp and refine.inp used with slight modifications. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 770 / NOE intraresidue total count: 213 / NOE long range total count: 116 / NOE medium range total count: 138 / NOE sequential total count: 303 / Protein phi angle constraints total count: 88 / Protein psi angle constraints total count: 65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |