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- PDB-7nz9: Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nz9
タイトルCrystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex V128L mutant
要素
  • Probable inactive tRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3
  • tRNA-specific adenosine deaminase 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / tRNA modification / wobble adenine / inosine (イノシン) / ADAT (アダット) / intellectual disability (知的障害) / neurological disorders
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / tRNA processing / catalytic activity / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-specific adenosine deaminase 2 / Probable inactive tRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Ramos Morales, E. / Romier, C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The structure of the mouse ADAT2/ADAT3 complex reveals the molecular basis for mammalian tRNA wobble adenosine-to-inosine deamination.
著者: Ramos-Morales, E. / Bayam, E. / Del-Pozo-Rodriguez, J. / Salinas-Giege, T. / Marek, M. / Tilly, P. / Wolff, P. / Troesch, E. / Ennifar, E. / Drouard, L. / Godin, J.D. / Romier, C.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-specific adenosine deaminase 2
B: Probable inactive tRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7024
ポリマ－55,5712
非ポリマー1312
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.976, 106.814, 129.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 tRNA-specific adenosine deaminase 2 / Deaminase domain-containing protein 1 / tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit ADAT2


分子量: 21333.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adat2, Deadc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P6J0, tRNA(adenine34) deaminase
#2: タンパク質 Probable inactive tRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3 / tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit ADAT3


分子量: 34237.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adat3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PAT0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% (W/V) PEG3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5 and 0.2 M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 50047 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.15
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 2.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 7853 / CC1/2: 0.385

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
PHENIX1.19rc4_4035精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DH1

3dh1


解像度: 1.99→49.38 Å / SU ML: 0.2528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.52 / 位相誤差: 25.0901
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 4723 4.98 %
Rwork0.1889 90144 -
obs0.1904 49990 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3395 0 2 288 3685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8574777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0516539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.14281319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.020.35321690.3392788X-RAY DIFFRACTION95.11
2.02-2.040.30591290.33073006X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.070.29031600.3193031X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.090.37491550.31693045X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.120.36651620.31212989X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.150.32421760.28873029X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.30591440.28182991X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.210.28861300.27373003X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.28781870.26593051X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.31351450.2473005X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.320.23361630.2362979X-RAY DIFFRACTION99.97
2.32-2.360.27891800.22813049X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.410.27371530.22332985X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.460.24171710.21352974X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.510.24851650.21273002X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.570.26281440.20423019X-RAY DIFFRACTION99.94
2.57-2.630.25871600.20883036X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.710.26571460.21553043X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.790.23951660.2212967X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.880.27021310.19913055X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.980.25011360.20323029X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.10.25021470.19363015X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.240.23381530.19973039X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.410.20631560.18862975X-RAY DIFFRACTION99.97
3.41-3.620.23441730.16332983X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.90.21011510.15313025X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.30.17231900.13373019X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.920.1381790.13042966X-RAY DIFFRACTION99.94
4.92-6.190.17041610.1653012X-RAY DIFFRACTION100
6.19-49.380.16121410.15913034X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2368289454-0.857396142191-0.4182088414611.829686428750.01765401737141.22814583638-0.01914106227290.154101823846-0.0546887719031-0.243567964638-0.04140091684640.224207538801-0.0476595338187-0.110237340183-1.28519325043E-60.297700126477-0.025768894479-0.06817064339810.30934229599-0.02380971994370.309031881481-9.454176996182.4464195399538.3800271995
20.08449831899660.576897877081-0.3438418929270.00611046918549-0.8113964028061.61176933832-0.0354657359584-0.0397837703003-0.107218975667-0.03352490417180.00466757760209-0.06474417614210.1668340510880.05503282659633.8063357531E-50.3909392457220.04876591250140.04548039516670.3036960073830.0319424472870.359457831542-2.07596383286-21.91868839865.2491159026
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11chain AAA - B14 - 200
22chain BBC - D25 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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