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- PDB-7nz9: Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex V... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nz9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex V128L mutant | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | HYDROLASE / tRNA modification / wobble adenine / inosine / ADAT / intellectual disability / neurological disorders | |||||||||
Function / homology | ![]() tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / tRNA processing / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ramos Morales, E. / Romier, C. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The structure of the mouse ADAT2/ADAT3 complex reveals the molecular basis for mammalian tRNA wobble adenosine-to-inosine deamination. Authors: Ramos-Morales, E. / Bayam, E. / Del-Pozo-Rodriguez, J. / Salinas-Giege, T. / Marek, M. / Tilly, P. / Wolff, P. / Troesch, E. / Ennifar, E. / Drouard, L. / Godin, J.D. / Romier, C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 151.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 476.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nz7C ![]() 7nz8C ![]() 3dh1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21333.463 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 34237.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 18% (W/V) PEG3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5 and 0.2 M NaBr |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 50047 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 2.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 7853 / CC1/2: 0.385 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3DH1 Resolution: 1.99→49.38 Å / SU ML: 0.2528 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.52 / Phase error: 25.0901 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→49.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1
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