PDB-7nvj: Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nvj

タイトル

Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / Ubiquitin fold conjugating enzyme 1 (UFC1) / Ufmylation / Y110A / F121A

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Padala, P. / Isupov, M.N. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for UFM1 transfer from UBA5 to UFC1.
著者: Kumar, M. / Padala, P. / Fahoum, J. / Hassouna, F. / Tsaban, T. / Zoltsman, G. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Dessau, M. / Rosenzweig, R. / Isupov, M.N. / Schueler-Furman, O. / Wiener, R.

履歴

登録	2021年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nvj.cif.gz	50.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nvj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nvj_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nvj_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	7nvj_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	7nvj_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nvkC 7nw1C 2z6pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z6p-d 3l6j-1 7nw1-2 6pj8-d 2z6o-d 5f5j-d 7lgk-1 2xow-d 3rt2-d 5kav-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.161, 46.161, 143.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19375.254 Da / 分子数: 1 / 変異: Y110A, F121A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / プラスミド: pET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→33.24 Å / Num. obs: 8491 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.44 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 13.33
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 804 / CC_1/2: 0.47 / R_rim(I) all: 0.71 / % possible all: 99.14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Z6P

2z6p

解像度: 2.2→33.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 8.2 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	444	5.229 %	Random selection
R_work	0.1928	8047	-	-
all	0.196	-	-	-
obs	-	8491	99.824 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.088 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.088 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1316	0	12	47	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.645	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.258	1.578	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.44	5	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.469	22.394	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.763	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.327	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	617
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.25	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.239	2.693	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.238	2.685	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.538	4.024	817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.536	4.034	818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.648	2.987	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.646	2.988	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.126	4.33	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.124	4.332	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.385	50.357	5929
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.382	50.345	5921

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.347	34	0.268	551	0.272	591	0.788	0.826	98.9848	0.251
2.257-2.319	0.327	37	0.27	570	0.274	609	0.794	0.84	99.6716	0.25
2.319-2.386	0.275	23	0.246	540	0.248	565	0.84	0.859	99.646	0.224
2.386-2.459	0.278	31	0.237	534	0.24	566	0.842	0.867	99.8233	0.213
2.459-2.539	0.332	28	0.226	512	0.231	540	0.833	0.885	100	0.202
2.539-2.628	0.323	20	0.227	509	0.23	529	0.859	0.894	100	0.193
2.628-2.727	0.199	31	0.208	496	0.207	527	0.931	0.911	100	0.179
2.727-2.838	0.254	18	0.196	465	0.199	483	0.898	0.93	100	0.165
2.838-2.963	0.305	22	0.214	454	0.217	476	0.877	0.92	100	0.176
2.963-3.107	0.29	28	0.182	438	0.188	466	0.902	0.936	100	0.155
3.107-3.275	0.268	25	0.183	415	0.187	440	0.886	0.941	100	0.153
3.275-3.472	0.302	24	0.165	382	0.172	406	0.89	0.954	100	0.139
3.472-3.71	0.309	20	0.153	367	0.161	388	0.917	0.963	99.7423	0.136
3.71-4.005	0.177	20	0.145	356	0.147	376	0.964	0.974	100	0.134
4.005-4.384	0.197	24	0.139	320	0.143	344	0.96	0.975	100	0.129
4.384-4.895	0.15	11	0.155	310	0.154	321	0.973	0.972	100	0.138
4.895-5.64	0.165	21	0.196	264	0.193	285	0.963	0.962	100	0.179
5.64-6.88	0.245	14	0.203	239	0.205	253	0.945	0.954	100	0.177
6.88-9.613	0.186	10	0.191	191	0.19	201	0.973	0.959	100	0.178
9.613-43.951	0.227	3	0.219	131	0.22	136	0.983	0.958	98.5294	0.23

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関連情報:EMDBヘッダ

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