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万見
- PDB-7nw1: Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nw1
タイトルCrystal structure of UFC1 in complex with UBA5
要素
  • Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
キーワードLIGASE / Ubiquitin like fold modifier enzyme 5 (UBA5) / E1 / Ubiquitin fold modifier 1 (UFM1) / Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme2 (UFC1) / Ufmylation
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process ...UFM1 activating enzyme activity / UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / brain development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Manoj Kumar, P. / Padala, P. / Isupov, M.N. / Wiener, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1383/17 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for UFM1 transfer from UBA5 to UFC1.
著者: Kumar, M. / Padala, P. / Fahoum, J. / Hassouna, F. / Tsaban, T. / Zoltsman, G. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Dessau, M. / Rosenzweig, R. / Isupov, M.N. / Schueler-Furman, O. / Wiener, R.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
BBB: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
CCC: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
FFF: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,19523
ポリマ－42,6894
非ポリマー1,50619
水91951
1
AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
FFF: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,72619
ポリマ－21,3452
非ポリマー1,38117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
2
BBB: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
CCC: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4694
ポリマ－21,3452
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.204, 67.421, 133.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA BBB
22Chains CCC FFF

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPCYSCYSAAAA3 - 1654 - 166
121ASPASPCYSCYSBBBB3 - 1654 - 166
212GLYGLYMETMETCCCC170 - 1833 - 16
222GLYGLYMETMETFFFD170 - 1833 - 16

NCSアンサンブル:
ID詳細
1local
2local

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AAABBBCCCFFF

#1: タンパク質 Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 / UFC1


分子量: 19543.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / プラスミド: pET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1 / UBA5


分子量: 1801.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / プラスミド: pET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZZ9

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非ポリマー , 5種, 70分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.71 Å / Num. obs: 15162 / % possible obs: 46.5 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 152 / CC1/2: 0.478 / Rrim(I) all: 1.87 / % possible all: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z6O

2z6o


解像度: 1.95→23.761 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.662 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 814 5.389 %Random selection
Rwork0.2146 14291 --
all0.219 ---
obs0.2185 15105 47.144 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.059 Å20 Å20 Å2
2--0.502 Å2-0 Å2
3----0.562 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→23.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 98 51 3051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.6494085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3085350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0622.346162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.33215544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.261520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22022
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2250.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1170.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7025.7181412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1978.5471758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0596.1251641
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1758.9982327
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.70875.0694513
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1070.055188
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1170.05360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.949-1.9990.58130.385480.39523210.3130.7192.19730.379
1.999-2.0540.41160.365980.36822610.7130.7524.59970.342
2.054-2.1130.383160.3611630.36321940.7320.7528.15860.343
2.113-2.1770.382150.2952650.29921340.6610.77513.12090.273
2.177-2.2480.429150.2953550.320840.8010.80417.75430.284
2.248-2.3260.334240.2864230.28919930.8420.82922.42850.262
2.326-2.4130.337280.2945660.29619490.8570.8330.47720.265
2.413-2.5110.25450.2646550.26418630.8850.87437.57380.235
2.511-2.6210.351490.2467930.25318060.8570.8946.62240.205
2.621-2.7470.241460.2449130.24417320.9240.89855.36950.194
2.747-2.8940.203510.2489970.24516270.9170.90764.4130.206
2.894-3.0660.283640.2411760.24315830.90.9178.33230.198
3.066-3.2740.299640.24113040.24414760.9070.91692.68290.196
3.274-3.5310.318630.22712940.23113790.9060.93398.40460.194
3.531-3.860.273530.20212190.20512800.9430.95499.3750.183
3.86-4.3010.274750.19711000.20211820.9410.95799.40780.186
4.301-4.9390.24670.1769630.1810350.9530.96699.51690.169
4.939-5.9850.298610.2018330.2089080.9380.95398.45810.196
5.985-8.2080.244390.2246870.2257300.9530.94599.45210.231
8.208-23.7610.311300.1664390.1764810.9590.9797.50520.203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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