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- PDB-7nvh: Cryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvh
タイトルCryo-EM structure of the mycolic acid transporter MmpL3 from M. tuberculosis
要素Trehalose monomycolate exporter MmpL3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / lipopolysaccharide transport / membrane => GO:0016020 ...phosphatidylglycerol binding / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / lipopolysaccharide transport / membrane => GO:0016020 / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan-based cell wall / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / Trehalose monomycolate RND transporter MmpL3 / Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Adams, O. / Deme, J.C. / Parker, J.L. / Lea, S.M. / Newstead, S.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust201536 英国
Wellcome Trust215519 英国
Wellcome Trust219531 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure and resistance landscape of M. tuberculosis MmpL3: An emergent therapeutic target.
著者: Oliver Adams / Justin C Deme / Joanne L Parker / / Philip W Fowler / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual ...Tuberculosis (TB) is the leading cause of death from a single infectious agent and in 2019 an estimated 10 million people worldwide contracted the disease. Although treatments for TB exist, continual emergence of drug-resistant variants necessitates urgent development of novel antituberculars. An important new target is the lipid transporter MmpL3, which is required for construction of the unique cell envelope that shields Mycobacterium tuberculosis (Mtb) from the immune system. However, a structural understanding of the mutations in Mtb MmpL3 that confer resistance to the many preclinical leads is lacking, hampering efforts to circumvent resistance mechanisms. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of Mtb MmpL3 and use it to comprehensively analyze the mutational landscape of drug resistance. Our data provide a rational explanation for resistance variants local to the central drug binding site, and also highlight a potential alternative route to resistance operating within the periplasmic domain.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年6月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _entity.pdbx_description ..._citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.ls_d_res_high
改定 1.52025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12604
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12604
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5312
ポリマ－82,5261
非ポリマー1,0051
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29260 Å2

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要素

#1: タンパク質 Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / TMM exporter MmpL3 / MmpL3 transporter / Mycobacterial membrane protein large 3


分子量: 82525.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mmpL3, Rv0206c, MTCY08D5.01c, MTV033.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJV5, UniProt: A0A658HT16*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AV0 / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside / 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycolic acid transporter MmpL3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 58.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414082 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045650
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.617693
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.726801
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044930
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005950

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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