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- PDB-7nte: The structure of an open conformation of the SBP TarP_Csal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nte
タイトルThe structure of an open conformation of the SBP TarP_Csal
要素TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP transporter / solute binding protein / periplasmic / hydroxycinnamate / lignin
機能・相同性TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / transmembrane transport / metal ion binding / TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
機能・相同性情報
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6815
ポリマ－74,6082
非ポリマー733
水4,936274
1
A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3282
ポリマ－37,3041
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3523
ポリマ－37,3041
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.770, 63.620, 73.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit


分子量: 37303.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag and linker
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) (バクテリア)
株: ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11
遺伝子: Csal_0280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R0W5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0 and 25 % (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→53.43 Å / Num. obs: 74222 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Num. unique obs: 5395 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.715 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NTD

7ntd


解像度: 1.6→53.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.91 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 3658 4.9 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1778 70544 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 22.754 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å2-0.27 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→53.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 3 274 5365
Biso mean--23.36 27.05 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9617071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96310995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7155652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.824.217249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38415846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6461536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021036
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 246 -
Rwork0.244 5140 -
all-5386 -
obs--96.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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