PDB-7nt0: Drosophila PGRP-LB Y78F mutant in complex with tracheal cytotoxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nt0

タイトル

Drosophila PGRP-LB Y78F mutant in complex with tracheal cytotoxin (TCT)

要素

Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Peptidoglycan recognition protein / PGRP / PGRP-LB / Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Orlans, J. / Aller, P. / Da Silva, P.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: PGRP-LB: An Inside View into the Mechanism of the Amidase Reaction.
著者: Orlans, J. / Vincent-Monegat, C. / Rahioui, I. / Sivignon, C. / Butryn, A. / Soulere, L. / Zaidman-Remy, A. / Orville, A.M. / Heddi, A. / Aller, P. / Da Silva, P.

履歴

登録	2021年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nt0.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nt0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nt0_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nt0_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7nt0_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7nt0_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7nt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7nt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nsxC 7nsyC 7nszC 1ohtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nt0-2 6a89-6 5dwf-3 2xz4-1 5a0e-2 5i3m-4 3ts4-d 4zxm-d 5dwf-1 7nsy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

BBB: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

ヘテロ分子

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.587, 52.167, 55.579
Angle α, β, γ (deg.)	92.113, 105.123, 111.513
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 3 - 176 / Label seq-ID: 5 - 178

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB / PGRP-LB 分子量: 23771.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Please can you count the first two residue as -1 and -2 because they belong to the cleavage site of the tag. The number 1 of the sequence would be third residue. 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: PGRP-LB, CG14704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8INK6, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLD / GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA / 2-ACETAMIDO-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE(BETA1-4)-2-ACETAMIDO-1,6-ANHYDRO-3-O-[(R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE-L-ALANYL-GAMMA-D-GLUTAMYL-MESO-DIAMINOPIMELYL-D-ALANINE 分子量: 921.899 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₅₉N₇O₂₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% v/v 2-Propanol, 100 mM Tris base HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月2日

放射

モノクロメーター: Double crystals monochromator, Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→53.07 Å / Num. obs: 34852 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-53.07	7.1	0.045	287	0.997	0.026	0.052
1.8-1.84	6.8	0.478	2038	0.891	0.289	0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
DIALS		data processing
Coot		モデル構築
GDA		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHT

1oht

解像度: 1.8→53.067 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.145 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.9498 / Average fsc work: 0.9602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1798	1760	5.05 %
R_work	0.1447	33091	-
all	0.146	-	-
obs	-	34851	97.742 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.659 Å²	0.031 Å²	-0.431 Å²
2-	-	0.125 Å²	-0.47 Å²
3-	-	-	-0.223 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2625	0	72	189	2886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.639	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.479	1.579	5771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.175	5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.466	20.872	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.766	15	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.686	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.043	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.333	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.911	1.847	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	1.847	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.567	2.749	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.566	2.749	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.907	2.18	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.906	2.18	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.383	3.162	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.382	3.163	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.587	22.547	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.555	22.385	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.051	0.05	5702

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05139	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05139	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.216	124	0.187	2425	0.189	2627	0.916	0.927	97.0308	0.177
1.847-1.897	0.229	128	0.171	2332	0.174	2547	0.923	0.944	96.5842	0.16
1.897-1.952	0.221	122	0.161	2263	0.164	2479	0.928	0.946	96.2082	0.148
1.952-2.012	0.195	137	0.155	2247	0.157	2469	0.944	0.957	96.5573	0.143
2.012-2.078	0.187	98	0.154	2195	0.156	2352	0.943	0.955	97.4915	0.143
2.078-2.151	0.204	117	0.147	2098	0.15	2272	0.946	0.958	97.4912	0.136
2.151-2.232	0.192	90	0.144	2035	0.146	2181	0.958	0.963	97.4324	0.135
2.232-2.323	0.162	103	0.131	1941	0.133	2092	0.964	0.971	97.7055	0.123
2.323-2.426	0.177	99	0.128	1919	0.13	2066	0.966	0.975	97.6767	0.122
2.426-2.544	0.186	112	0.142	1771	0.144	1920	0.958	0.963	98.0729	0.135
2.544-2.681	0.181	93	0.146	1721	0.148	1848	0.957	0.963	98.1602	0.141
2.681-2.844	0.21	84	0.142	1617	0.145	1728	0.948	0.966	98.4375	0.14
2.844-3.039	0.17	82	0.141	1555	0.143	1664	0.957	0.964	98.3774	0.142
3.039-3.282	0.156	84	0.138	1436	0.139	1545	0.967	0.971	98.3819	0.142
3.282-3.594	0.169	72	0.137	1300	0.138	1382	0.964	0.973	99.2764	0.143
3.594-4.016	0.161	65	0.142	1188	0.143	1267	0.971	0.974	98.895	0.152
4.016-4.633	0.148	52	0.116	1068	0.117	1126	0.975	0.983	99.4671	0.127
4.633-5.663	0.174	38	0.145	902	0.146	948	0.969	0.979	99.1561	0.161
5.663-7.963	0.254	33	0.197	693	0.199	730	0.945	0.96	99.4521	0.213
7.963-53.067	0.126	27	0.162	385	0.159	413	0.972	0.968	99.7579	0.204

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)