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- PDB-6a89: Crystal structure of the ternary complex of peptidoglycan recogni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a89
タイトルCrystal structure of the ternary complex of peptidoglycan recognition protein (PGRP-S) with Tartaric acid, Ribose and 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID at 2.11 A resolution
要素Peptidoglycan recognition protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Peptidoglycan recognition protein, PGRP-S / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / alpha-D-ribofuranose / L(+)-TARTARIC ACID / Peptidoglycan recognition protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Bairagya, H.R. / Shokeen, A. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of peptidoglycan recognition protein (PGRP-S) with Tartaric acid, Ribose and 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID at 2.11 A resolution
著者: Bairagya, H.R. / Shokeen, A. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan recognition protein 1
B: Peptidoglycan recognition protein 1
C: Peptidoglycan recognition protein 1
D: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9379
ポリマ－74,2924
非ポリマー6455
水5,278293
1
A: Peptidoglycan recognition protein 1
B: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3984
ポリマ－37,1462
非ポリマー2522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Peptidoglycan recognition protein 1
D: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5385
ポリマ－37,1462
非ポリマー3923
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6352
ポリマ－18,5731
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
4
B: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7632
ポリマ－18,5731
非ポリマー1901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
5
C: Peptidoglycan recognition protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5731
ポリマ－18,5731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
6
D: Peptidoglycan recognition protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9654
ポリマ－18,5731
非ポリマー3923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.500, 101.370, 163.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S


分子量: 18573.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
参照: UniProt: Q9GK12
#6: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 297分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14N2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10% PEG 3350, 0.2M Sodium potassium tartarate / PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→86.09 Å / Num. obs: 42613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 3.05
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Rrim(I) all: 0.81 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q8S

4q8s


解像度: 2.11→86.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.829 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24884 2161 5.1 %RANDOM
Rwork0.19067 ---
obs0.19365 40430 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å20 Å2-0 Å2
2---4.09 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→86.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5223 0 43 293 5559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9297366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.073311134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3045664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26321.846260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93715804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.171564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.594.5852668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.594.5842667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0666.863328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0666.8623329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4815.0372746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4815.0332743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6017.3784037
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.55454.8346295
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.55354.8446296
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.116→2.171 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 157 -
Rwork0.348 2902 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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