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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nsy | ||||||
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Title | Drosophila PGRP-LB C160S mutant | ||||||
![]() | Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Peptidoglycan recognition protein / PGRP / PGRP-LB / Drosophila | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Orlans, J. / Aller, P. / Da Silva, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: PGRP-LB: An Inside View into the Mechanism of the Amidase Reaction. Authors: Orlans, J. / Vincent-Monegat, C. / Rahioui, I. / Sivignon, C. / Butryn, A. / Soulere, L. / Zaidman-Remy, A. / Orville, A.M. / Heddi, A. / Aller, P. / Da Silva, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Validation report
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Data in XML | ![]() | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nsxC ![]() 7nszC ![]() 7nt0C ![]() 1ohtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 14 - 177 / Label seq-ID: 16 - 179
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 23770.965 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Please can you count the first two residue as -1 and -2 because they belong to the cleavage site of the tag. The number 1 of the sequence would be third residue. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8INK6, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20%c w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2019 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→49.39 Å / Num. obs: 67209 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OHT Resolution: 1.4→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.887 / SU ML: 0.035 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.292 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→49.39 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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