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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nsl | ||||||
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タイトル | AL amyloid fibril from a lambda 1 light chain | ||||||
要素 | Amyloid lambda1 light chain | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / amyloid / antibody / systemic amyloidosis / light chain | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Karimi Farsijani, S. / Radamaker, L. / Fandrich, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Role of mutations and post-translational modifications in systemic AL amyloidosis studied by cryo-EM. 著者: Lynn Radamaker / Sara Karimi-Farsijani / Giada Andreotti / Julian Baur / Matthias Neumann / Sarah Schreiner / Natalie Berghaus / Raoul Motika / Christian Haupt / Paul Walther / Volker Schmidt ...著者: Lynn Radamaker / Sara Karimi-Farsijani / Giada Andreotti / Julian Baur / Matthias Neumann / Sarah Schreiner / Natalie Berghaus / Raoul Motika / Christian Haupt / Paul Walther / Volker Schmidt / Stefanie Huhn / Ute Hegenbart / Stefan O Schönland / Sebastian Wiese / Clarissa Read / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich / 要旨: Systemic AL amyloidosis is a rare disease that is caused by the misfolding of immunoglobulin light chains (LCs). Potential drivers of amyloid formation in this disease are post-translational ...Systemic AL amyloidosis is a rare disease that is caused by the misfolding of immunoglobulin light chains (LCs). Potential drivers of amyloid formation in this disease are post-translational modifications (PTMs) and the mutational changes that are inserted into the LCs by somatic hypermutation. Here we present the cryo electron microscopy (cryo-EM) structure of an ex vivo λ1-AL amyloid fibril whose deposits disrupt the ordered cardiomyocyte structure in the heart. The fibril protein contains six mutational changes compared to the germ line and three PTMs (disulfide bond, N-glycosylation and pyroglutamylation). Our data imply that the disulfide bond, glycosylation and mutational changes contribute to determining the fibril protein fold and help to generate a fibril morphology that is able to withstand proteolytic degradation inside the body. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nsl.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nsl.ent.gz | 150.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nsl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nsl_validation.pdf.gz | 947.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nsl_full_validation.pdf.gz | 949.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7nsl_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nsl_validation.cif.gz | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12570MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10730 (タイトル: AL amyloid fibril from a glycosylated lambda 1 light chain Data size: 495.9 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of AL amyloidosis extracted ex vivo amyloid fibrils patient FOR001 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12122.354 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / Plasmid details: AL amyloidosis patient / 組織: Heart muscle tissue |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Amyloid fibril of an antibody lambda 1 immunoglobulin light chain タイプ: COMPLEX 詳細: Extracted fibrils from the explanted heart of a patient suffering from systemic AL amyloidosis Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Heart muscle |
緩衝液 | pH: 7 |
緩衝液成分 | 名称: Distilled water / 式: H2O |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample in pure water, pH not determined |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: blot for 9s before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3032 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Motion-corrected and dose-weighted movie frames | ||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF was estimated from the non-dose-weighted micrographs タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -1.45566 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.76311 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 43308 詳細: manual particle picking helical start-end coordinates | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43308 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL Target criteria: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) 詳細: Secondary structure restraints and NCS were applied during refinement |